燕王朱棣攻入京城之後，隻有魏國公徐輝祖帶兵抵擋一陣，兵敗之後也逃跑了。此外，文武百官大多在馬前迎駕。燕王接見完畢後，又去看周王和齊王，三人淚流滿麵。事情辦完之後，燕王隨即回到軍營，召集官吏商議。兵部尚書茹瑺先到燕王麵前，勸他登基。燕王問：“皇上呢？”茹瑺說：“皇宮被燒，想必皇上已經駕崩了。”燕王皺著眉頭說：“我無緣無故被誣陷，不得已才發兵自救，一心想著為國除奸，以安定宗室社稷，效法周公垂名後世。誰知皇上竟然不能體諒，就這樣輕生了。我已經得罪了天地祖宗，哪敢再登大位，還是另選德才兼備的親王吧。”茹瑺一邊叩頭一邊說道：“大王順天應人，怎麽能說是‘得罪’？”話音未落，一班文武大臣都跪在地上，黑壓壓地跪了一地，齊聲大呼：“天下是太祖的天下，殿下是太祖的兒子，無論是德還是功，都應該登上大位。”燕王仍然猶豫不決：“明天再說吧。”第二天一早，群臣又來規勸。燕王這才起駕入城，命諸將守住城門，懸賞通緝齊泰、黃子澄、方孝孺等人。隨後在奉天殿即皇帝位，受王公大臣朝賀。
燕王即位後，下令清宮三日。宮裏麵的宮女、太監多半被殺死，隻有得罪過建文帝的，才得以幸免。燕王接著將宮人找來，問他們建文帝的行蹤。宮人也不知道，隻好把馬皇後的殘骸說成是建文帝的屍首。從灰燼中撥出來的屍首渾身漆黑，四肢殘缺，辨不出是男是女，隻覺得慘不忍睹，燕王不禁哭著說：“傻孩子，你怎麽這麽傻呢？”當時，侍讀王景站在一旁，燕王問他應該如何下葬。王景就說應當以天子禮殮葬。燕王點頭，命人將屍首以天子禮埋葬。
這時有一個人滿身縞素，直奔朝中，伏在地上失聲痛哭，哭聲震撼天地。燕王聽到後，當即喝令左右將他拿下。燕王凝視著他說：“你就是方孝孺？朕正要捉拿你，你卻自己來送死！”方孝孺抗聲說道：“事已至此，死有什麽好怕的！”燕王說：“你願意死，朕偏偏不讓你死！”說完，命左右將他逮捕下獄。原來燕王大舉南犯的時候，道衍將燕王送出郊外，跪在地上說：“臣有事要囑托。”燕王問是何事，道衍說：“南朝有個鴻儒名叫方孝孺，此人很有學問，殿下入京之後，千萬不要殺這個人。如果殺了他，天下的讀書種子從此就斷絕了。”燕王點頭，並銘記在心裏。所以索要罪人的時候，雖然將方孝孺列為首犯，暗地裏卻一直想保全他，並且讓他的門徒廖鏞、廖銘等人到獄中勸解。方孝孺怒斥他們：“你們這些混賬，跟了我這麽多年，難道還不知道大義嗎？”廖鏞等人返回去報告燕王，燕王不以為意。