景帝這個時候臥病在床。正是殘夢初回，爐香欲燼的時候，忽然聽到殿上傳來鍾鼓聲，不禁驚異起來，連忙問內侍：“難道是於謙不成？”內侍正在錯愕之間，內監前來稟報，說南宮複辟了。景帝連聲說：“好！好！好！”說著，氣喘籲籲，麵壁而臥。這邊正在歎息，那邊已經是滿朝慶賀。徐有貞複辟有功，太上皇即刻讓他入閣，參與機務。然後又宣布中午的時候正式即位，曆史上還是稱為英宗。接著，英宗傳下聖旨，抓少保於謙，大學士王文、陳循、蕭鎡、商輅，尚書俞士悅、江淵，都督範廣，太監王誠、舒良、王勤、張永等人下獄。於謙等人那時就在朝班，被錦衣衛以迅雷不及掩耳之勢一一牽去，打入大獄。
原來，石亨的侄子石彪貪婪暴虐，曾經被於謙參劾，戍守大同。石亨一直懷恨在心。徐有貞也和於謙有些小過節。英宗複辟之後，二人成為首席功臣，正好借機報複。於是誣陷於謙、王文想迎立襄王瞻墡。英宗感激兩位大臣。對他們的話自然言聽計從，不等群臣退朝，就將這幾人拿下。後來徐有貞、蕭維楨等人，以“意欲”兩個字，鍛煉成詞，上奏於謙、王文等人的罪狀，說他們妄圖迎立襄王瞻墡。英宗這時候還不忍心：“於謙對國家有功，不應該加刑。”徐有貞揮臂上前：“不殺於謙，今天的事情還有什麽名譽可言？”英宗這才狠下心來。
臨刑這一天，愁雲慘霧布滿了天空，路邊的百姓無不淚流滿麵。太後聽說於謙的死訊，也哀歎了很多天。曹吉祥的部下，有一個叫朵耳的，親自帶著酒菜，哭奠於謙。曹吉祥得知後，把他痛打一頓。第二天，他又哭著去祭祀，曹吉祥也無可奈何。於謙的妻兒被坐罪戍邊。錦衣衛抄家時，發現家裏麵都沒有多餘的錢，隻有一間正屋鎖得很緊。打開一看，裏麵都是禦賜的物件，連查抄的官吏也當場痛哭。都督同知陳逵將於謙的遺骸葬在杭州西湖，後人稱為於少保墓。每年老百姓都會來墓前祭拜，絡繹不絕。相傳在這裏祈禱非常靈驗，大概是忠魂未泯的緣故。