穆宗即位以後，聽從徐階的話，盡力革除前朝的弊政。後來徐階辭官還鄉，高拱、張居正入掌朝政，引用門生韓揖等人，此後言路又開始堵塞。尚寶卿劉奮庸、給事中曹大野、大學士陳以勤，都被高拱傾軋，稱病離開。資格最老的李春芳，向來端莊冷靜，明哲保身，也在隆慶五年辭官離去。
隻有邊陲一帶，任用了幾個得力的將領。戚繼光被升為都督同知，總管薊州、昌平、保定三鎮的練兵事宜。戚繼光建下一千二百座戰台，台高五尺，中間設有三層。每個台子上可以駐紮一百人，鎧甲糧草一律齊備。險要的地方一裏之內建有兩三個台子，其他地方一裏一台或兩裏一台，綿延兩千多裏，星羅棋布，互相聲援。戚繼光還創製了一種拒馬器，來防禦敵人的騎兵。每當遇到敵寇，就先發火器，等敵寇稍稍接近的時候，再讓步兵拿著拒馬器，站在前排，其中摻雜著長槍軍、筤筅軍，眾士兵全部步伐整齊，可攻可守。戚繼光還特意調來三千名浙兵作為先鋒。浙兵到達薊門後，在郊外列隊，不巧天降大雨，從早到晚，浙兵全部直挺挺地站在那裏，沒有一人敢動。戚繼光鎮守邊關數年，製度嚴明，器械犀利，無論什麽巨寇，都聞風遠逃，不敢擾事了。後來朝廷又派曹邦輔為兵部侍郎，與王遴等人督禦宣府、大同。都禦史栗永祿鎮守昌平，保護陵寢。劉燾屯守天津，守衛通州糧儲。戴才管理餉運。彼此同心協力，邊境稍稍安寧。後來韃靼部落的酋長俺答色欲熏心，釀出了一件蕭牆禍事，中原幾百年來的寇患，從此消除。這也算是明朝中期的一件幸事。
原來，俺答的第三個兒子鐵皆台吉早年病逝，遺子把漢那吉幼年喪父，被俺答的妻子一克哈屯接來養育。把漢那吉長大之後，娶了比吉的女兒做配偶，因為她相貌醜陋，很不合把漢那吉的意思。於是，把漢那吉就自己娶了襖爾都司的女兒。此女叫三娘子，是俺答的長女所生，按名分上說來，是俺答的外孫女。這位三娘子貌美似花，仿佛一個塞外昭君，天生嬌豔。把漢那吉因為她豔麗動人，再三央求襖爾都司才把她娶來。娶過門之後，滿以為可以了卻一下相思的滋味。誰知俺答竟然羨慕不已，他想出一計，隻說是新人應該拜見祖父，行盥饋禮。把漢那吉不知有詐，就讓三娘子前去行禮。三娘子從中午拜見，一直到晚上還沒出來。把漢那吉等得煩躁不已，就派人到俺答的帳外探望，誰知毫無消息。仆人隻好匆匆返回去報告。漢那吉這才覺得事情不對頭，親自去探聽，本想闖入俺答的內寢，卻被衛兵攔住，不讓他入內。漢那吉氣憤難忍，想與衛兵動手，這時又過來幾個小兵連笑帶勸地說：“好了，好了，這塊肥肉，已經進了老大王的口中了。就算他吐出來，也沒什麽滋味了，不如讓他去吃，自己再另外找一塊吧。”漢那吉聽了這話，悔恨交加，竟然轉身出去，回到住所，對部下阿力哥說：“我的祖父搶走我的女人，以孫媳為妻，豬狗不如。我不能再做他的孫子，隻好另尋生路了。”阿力哥問：“到哪裏去呢？”漢那吉答：“不如去投降明朝，中原向來看重禮義，應當不會有這種事情吧。”阿力哥奉命後，略略收拾好行囊，就和漢那吉連夜逃到大同，叩門投降。總督王崇古命人將他收納。部將勸阻道：“一個無足輕重的家夥，不如不要接納。”崇古說：“這可是奇貨可居，怎麽能不納呢？俺答要是派人前來要人，我們有叛黨趙全在他那裏，正好可以和他交換。否則就讓把漢那吉召集舊部，寓居在近塞。俺答老死之後，我可以命他出塞去攻打韃靼部落，那時我們不是坐收漁翁之利嗎？”於是王崇古上奏朝廷，封漢那吉為指揮使，阿力哥為正千戶侯，各賞大紅瞾絲衣一件。