高拱入朝聽旨，宣旨的太監正是新任司禮監的馮保。高拱跪在下麵，氣得七竅生煙。那時情不能忍，可又不敢不忍，險些暈了過去。宣詔完畢後，各位大臣陸續起身，隻有高拱還匍伏在那裏，張居正趕緊走過去將他扶起來。高拱勉強起身，狼狽而出。回到京中的寓所之後，高拱匆匆收拾行李，雇了一輛牛車，離開了都城。張居正與高儀給小皇帝上疏請求朝廷將他留下來。朝旨不許。沒過多久，高儀就死了。於是假公濟私的張居正，自然而然地成為首輔了。
神宗即位後，追諡先皇為莊皇帝，廟號穆宗，又準備將陳皇後及李貴妃各自奉上尊號。明朝的製度是天子新立的時候，必須尊母後為皇太後。如果自己是妃嬪所生，生母也要稱為太後，不過尊號上麵要加以區別。那時太監馮保想在李貴妃麵前獻媚，就屢次暗示張居正，想將李貴妃與陳皇後並尊為皇太後。張居正不敢怠慢，就讓朝中大臣商議。大臣們隻知道趨炎附勢，哪個敢來攔阻？當下便尊陳皇後為仁聖皇太後，李貴妃為慈聖皇太後，仁聖皇太後居住在慈慶宮，慈聖皇太後居住在慈寧宮。張居正請慈聖皇太後移居乾清宮，照顧小皇帝的起居，獲得允準。慈聖皇太後教育小皇帝非常嚴格。每天五更的時候，必定到禦寢前，叫他起床，然後命左右扶著小皇帝坐起來。等小皇帝進水洗臉，吃過早點後，就讓他登殿視朝。早朝完畢後，小皇帝想嬉戲玩鬧一會兒，不願意讀書，慈聖皇太後就罰他長跪，因此神宗對她非常敬畏。慈聖與仁聖皇太後之間始終非常親密。每次神宗覲見的時候，慈聖皇太後都會問他去慈慶宮了沒有。所以神宗拜見完慈聖皇太後之後，必定會到仁聖皇太後那裏拜見。馮保雖然有太後恩寵，卻也不敢帶著小皇帝胡作非為。張居正受到太後囑托，一心想著整肅朝綱，以不負眾望。於是請開經筵，議定三、六、九日視朝，其他時間都在文華殿講讀。神宗很喜歡聽這些東西，還賞賜了張居正。萬曆改元之後，命成國公朱希忠以及張居正管理經筵事宜。張居正在經筵講讀完之後，就在文華殿後支一張小床，和神宗促膝密語。有一次，張居正帶病講讀，神宗竟親手為他煮椒湯，真是皇恩浩**，無微不至。