這員大將乃是島帥黃龍。孔有德命毛承祿、李應元等人上前迎敵，自己則與耿仲明向東逃去，投降了滿洲。毛承祿等人戰不過黃龍，李應元當即戰死，毛承祿被黃龍生擒，押解到京師後，以大逆不道罪，在鬧市淩遲處死。登州、萊城一帶總算平定了。
遼東那邊，自從孫承宗督師關上以來，接連收複了灤州、遷安、永平、遵化四城，又整繕了關外的舊堡壘，軍威大振。偏偏這時候，來了個巡撫邱禾嘉，與孫承宗常常發生矛盾。孫承宗準備先修築大淩城，邱禾嘉卻要同時修築右屯城，二人因分工問題起了爭議。最後兩城都還沒有完工的時候，滿洲兵就已經攻到城下。邱禾嘉率總兵吳襄、宋偉支援大淩城，連戰連敗，逃回錦州。大淩城的守將是祖大壽和何可綱，二人堅守了兩三個月，糧盡援絕。滿洲兵將招降書射到城裏，祖大壽想投降，何可綱不肯答應。祖大壽竟起了異心，把何可綱殺死，然後開城投降。滿洲太宗隨即班師回國。邱禾嘉立即被罷免，孫承宗遭到朝中大臣的議論，隻好辭官還鄉。
孔有德、耿仲明投降滿洲之後，立即慫恿滿洲太宗襲取旅順。他的本意無非是忌恨島帥黃龍，想借著滿洲的兵力，前去報仇。滿洲太宗樂得答應，先出兵鴨綠江，作為疑兵，然後令孔有德、耿仲明帶著滿洲兵偷襲旅順。黃龍果然中計，把大部分的水兵都派去鴨綠江阻截，島中僅存一千多人。滿洲兵趕到時，黃龍倉皇抵禦，終究是寡不敵眾。島上的軍械儲備向來單薄，孤守幾天後就支撐不住了。黃龍自刎而死，部將李惟鸞、項祚臨、樊化龍等人全部戰死，滿洲兵穩穩當當地占據了旅順。旅順島之外，還有一個廣鹿島，副將尚可喜守在那裏。尚可喜也是毛文龍的舊部，接到孔有德的招降信之後，也率部下投降了滿洲。滿洲太宗留下尚可喜守著兩個島，令孔有德、耿仲明率兵返回。二人因為建議有功，孔有德被封為滿洲都元帥，耿仲明被封為滿洲總兵，後來尚可喜也被封為滿洲總兵。