三邊總督楊鶴一心想著招撫，於是下令王左掛等盜匪頭子免死。王左掛再次叛變後，才被誅殺。楊鶴又招降神一元的弟弟神一魁。神一元攻陷保安之後，被副總兵張應昌擊敗，傷重而亡。神一魁繼承了兄長的位置，帶領賊眾繼續作亂。後來被總兵賀虎臣、杜文煥圍困，棄城南逃，轉攻慶陽、合水。楊鶴派人前去招降，神一魁果然前來，伏地謝罪。其他的賊目如金翅鵬、過天星、獨頭虎、上天龍等人也先後前來降順。楊鶴命人在城樓上虛設了禦座，眾賊在城下跪拜，齊呼萬歲。楊鶴當下傳令，某人解散，某人歸伍，某人歸農，眾賊表麵上答應著，心中卻藐視楊鶴。又見他軍容不整，隻仗著一個虛名皇帝，作威作福，都覺得楊鶴沒有什麽可怕的。眾人起身離開後，還去做那盜賊的營生。神一魁在城裏隻住了幾天，因為楊鶴誘殺了他的同黨劉金，隨即背叛而去。禦史謝三賓及巡按禦史吳甡，輪流參劾楊鶴縱盜殃民。明朝廷將楊鶴拿問，坐罪戍邊，特意調延綏巡撫洪承疇總督三邊。洪承疇剛剛收降了張獻忠，將他編為部下。張獻忠佯裝恭謹，洪承疇還以為他是真心誠意地投降。這時高迎祥、李自成等人，聚集了一萬多名山西的散兵，推舉高迎祥為闖王，李自成為闖將，轉攻山西、河南。並派人聯絡張獻忠，張獻忠一接到消息，立即背叛了洪承疇，與高迎祥聯合起來，橫行山西。此後秦賊為一路，晉賊為一路，做出的事情慘不忍睹。
總督洪承疇與總兵曹文詔商議一番之後，決定先剿除秦賊，再剿除晉賊。曹文詔轉戰東西，連敗綏德、宜君、清澗、米脂等地的賊兵，斬殺了點燈子、掃地王，又從鄜州的小路繞到慶陽，與甘肅總兵楊嘉謨、副將王性善會師，襲擊紅軍友、李都司、杜三、楊老柴等人。賊兵三戰三敗，杜三、楊老柴束手就擒，紅軍友、李都司逃脫，曹文詔與楊嘉謨從後麵追上，用反間計讓賊黨殺死了紅軍友，隨後乘勢打敗賊兵。遊擊曹變蛟是曹文詔的侄子，他鼓足勇氣，率先登山，後麵的兵馬隨即跟上，把賊兵斬殺殆盡。李都司逃脫後，糾集可天飛、獨行狼等人圍攻合水。曹文詔連夜趕去支援，快到城下的時候，有一千多名老弱散兵前來迎戰，不到幾個回合，紛紛退走。曹文詔麾兵直追，一直追到南原。忽然聽到呼哨四起，賊兵遍野而來，將曹文詔四麵圍住。城上的守兵互相傳告：“曹將軍身陷埋伏了，怎麽辦？怎麽辦？”話音未落，隻見曹文詔挺著長矛，左馳右突，匹馬盤旋，敵兵紛紛敗下陣來。守兵暗暗喝彩，也振作精神，鼓噪殺出。賊兵被殺得屍橫遍野，血流成河。李都司等人邊戰邊退，到了銅川橋才抱頭竄去。第二天黎明，曹文詔與寧夏總兵賀虎臣、固原總兵楊騏會師，前去追擊賊兵。來到甘泉縣的虎兕凹時，賊兵正在做飯。看到官軍前來，一個個嚇得魂飛魄散，急忙丟盔棄甲，逃命去了。