熊文燦收降張獻忠、羅汝才兩賊之後，其他的賊匪都落荒而逃，湖廣、河南一帶稍稍平靜。熊文燦於是上疏吹噓了一番，懷宗加以厚賞。後來洪承疇被調走，孫傳庭無辜下獄，張獻忠又開始圖謀不軌，一再向朝廷索要糧餉。穀城知縣阮之鈿屢次稟報熊文燦，讓他早作預防，熊文燦卻毫不理會。後來，張獻忠殺死阮之鈿，再次叛亂。羅汝才聽說張獻忠已經動手，自然起來響應，與張獻忠一起攻陷房縣，殺死知縣郝景春。左良玉率兵追剿，途中遇到埋伏，喪失士兵一萬多人，副將羅岱陣亡。楊嗣昌聽到消息後大驚失色，急忙麵奏懷宗，表示願意親自出兵討賊。懷宗削去熊文燦的官，降了左良玉的職，命楊嗣昌接替熊文燦上任，賜了上方寶劍，以及督師輔臣的銀印。臨行前，懷宗親自為他餞行。楊嗣昌拜謝而出，直奔襄陽。熊文燦正在和楊嗣昌辦交接手續，錦衣衛忽然趕來，把他押解到京師，沒過多久便被斬首棄市。
楊嗣昌把諸位將領召集起來，誓師剿賊。左良玉、陳洪範等人先後趕來。左良玉英姿勃勃，口若懸河，大受楊嗣昌的賞識。楊嗣昌立即上奏說左良玉有大將之才，請破格任用，應升為平賊將軍。聖旨準奏。左良玉揣著將軍大印，帶著諸將來到枸平關，與張獻忠相遇，幾路兵馬出師合擊。張獻忠戰敗，逃到蜀界，左良玉又從後麵追殺。正在驅軍大進的時候，忽然接到楊嗣昌的檄文，讓他立即在興平駐兵，另派賀人龍、李國安等人去追賊匪。左良玉憤憤地說：“我正要以此建功立業，剿滅賊匪，他卻阻止我前進，這是什麽意思？”說完，把檄文扔到地上，仍然下令進兵，一直抵達太平縣境內的瑪瑙山。瑪瑙山地勢險峻。左良玉正準備據險紮營，猛然間聽到山上有鼓噪的聲音。仰頭望去，隻見賊人已經占據了山巔，乘機高呼。左良玉吩咐士兵不要輕舉妄動，自己從容下馬。前後左右看了一番，將兵馬分為三隊，從三麵登山，下令道：“聽到鼓聲才可以進攻。”各位將領踴躍聽令，等了很久，卻都沒聽到鼓聲。眾將士都感到詫異。遠遠望見山上的賊兵有的坐著，有的站著，陣勢錯亂，眾將士不禁交頭接耳地議論起來，都說此時不上山進攻，還等什麽時候。偏偏中軍的帳下，仍然沒有一點響動，眾將士不免焦躁起來。轉眼間，天色已晚，忽聞鼓聲大起，官兵隨即三麵齊登，直上山頂。張獻忠正準備趁夜下山，不防左良玉已先行上來，且分兵三路，堵不勝堵，頓時手忙腳亂。官兵衝入敵陣，所向披靡。張獻忠料定難以支撐，策馬先逃。賊眾見張獻忠逃走，都逃命要緊，頓時敗下陣來。當時天昏地暗，賊匪不是掉到山崖下麵，就是被官兵殺死。賊黨掃地王曹威、白馬鄧天王等十六人來不及逃命，相繼戰死。張獻忠逃到山後，回頭看看，隻有幾百殘兵還跟著自己，連妻妾也不知哪裏去了。這時候也沒時間找她們，張獻忠隻顧急急忙忙逃到興歸的山裏麵去了。羅汝才剛從小路出來，準備侵犯夔州，迎頭遇上石柱女官秦良玉。智曹操碰著勇貂蟬，一時間沒有勝算。羅汝才的大旗被秦良玉奪去，手下的勇悍賊目被她砍死六人，羅汝才隻好無可奈何地逃入大寧。