世界上最穩定的關係，就是各取所需。
東晉王朝的晚期，貴族政治朝著軍閥政治轉向。桓玄篡權，自立為帝。元興三年（404），北府軍將領劉裕在京口起兵討伐桓玄，尋求主簿的人才，劉穆之投入其麾下。主簿是掌管文書的佐吏，類似於秘書，職務不高，但由於與主官親近，往往會成為主官的心腹人物。也就是從這裏開始，劉穆之成為劉裕的合作夥伴，成為劉裕團隊的經理人，為劉裕登上帝位提供了助力、奠定了基礎。
劉裕討伐桓玄，得到了北府軍將領劉毅、老將劉牢之的外甥何無忌的支持，於當年十二月徹底肅清了桓氏家族的勢力。晉安帝歸位後，下詔褒揚劉裕的功績，升遷他為侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事，“使持節、徐青二州刺史如故”。之後，劉裕的職權越來越大，共都督十六州諸軍事。一同起兵的劉毅、何無忌都加官進爵，成為位高權重的大臣。此戰中劉穆之謀劃甚多，成為劉裕最為倚重的左右手。幾乎所有大事，劉裕都會谘詢他的意見。當時東晉的法令鬆弛，閥閱世家倚仗權勢為非作歹，令百姓苦不堪言。劉穆之針對這種情況調整了法令，使劉裕率先以身垂範，從而極大地改變了社會風氣。這展現了劉穆之良好的向上管理水平。
義熙三年（407），與劉裕關係密切的領揚州刺史、錄尚書事王謐亡故。按晉位順序，劉裕接掌其官職。由於對權力的渴望，早先合作過的夥伴之間的關係已經悄悄發生了變化。南平郡公、豫州刺史劉毅不願讓劉裕獲得坐鎮中樞的權力，而是提出讓中領軍謝混接任揚州刺史、吏部尚書孟昶接任錄尚書事，從而達到分權的目的。他派遣尚書右丞皮沈向劉裕通告自己的提議，皮沈先去見了劉穆之，向他透露了這件事和當時朝廷官員們的看法。劉穆之假裝如廁，告誡劉裕不能順從劉毅。