與後來舉世聞名的北京紫禁城不同，始建於洪武初年的南京紫禁城無論在規模、格局還是在氣勢方麵都遜色許多。之所以如此，一是因為朱元璋對將南京作為大明京城並不滿意，在位初期屢有遷都之意，故對皇宮規製不太苛求。二是當時剛經曆元末大亂，天下滿目瘡痍、民力不濟，加之朱元璋生性節儉，不願在宮室上大肆鋪張。而最後一個原因，則是受地貌限製。南京地處丘陵，平地有限，別說在城裏大肆圈地營建宮室，就連按照曆代帝都的傳統布局，將皇宮建在城中央都不可能。當初規劃時，經通曉陰陽的劉伯溫屢次勘訪，最終將紫禁城的位置定在了南京的東城。此地背靠鍾山，從風水上來說也算得上一塊寶地了，但地勢卻稍顯狹窄，建成後的宮城周長不過五裏，與之前漢、唐、元等大一統朝廷的宮室相比局促太多，殿宇雕飾方麵則更是不如。不過也正是這種簡樸，從側麵反映出建國初期朱明皇室崇儉務實的良好風習。
本來，明初宮人不多，紫禁城內的內官、都人加在一起也不過兩三千之數，故南京宮室雖較前朝局促，但使用起來照樣綽綽有餘。可數百座殿宇樓閣聚在這樣一個狹小的空間內，帶來了一個明顯的弊端——憋悶。南京本就是出了名的火爐，而紫禁城內因為空氣流通不暢，就更顯得悶熱無比。故每到盛夏，宮中的奴婢們都多少會有些煩躁，私下裏時常有鬥嘴情事發生，甚至連嚴令禁止的鬥毆也偶有出現。但是在永樂五年的夏天，就連脾氣最暴躁的宮人也都不約而同地收斂了性子，平日裏別說橫眉豎眼，就是走路也都踮著腳尖，生怕弄出丁點兒聲響。之所以如此，是因為這段日子以來，皇後徐儀華的病情愈發嚴重，已呈不支之象。為此，永樂整日憂心忡忡，見了誰都沒個好臉色，大家小心翼翼，生怕在這時觸了皇上的黴頭，招來殺身之禍。