光緒二十三年（公元1897年）初冬的一個夜晚，天下著蒙蒙細雨，山東魯西巨野縣城西北十餘裏的小村張家莊，一片靜謐。時近二更，十幾個手持匕首或紅纓槍的人悄悄接近村頭的一戶四合院。這是一個普通的中式四合院，不同的是門樓上有一個鐵做的十字標誌，這是一所德國天主教教堂。
1890年，德國獲得在山東傳教的權利後，教會勢力迅速發展，偏僻貧窮的魯西南小縣巨野，短短幾年間天主教堂就發展到二十餘個。天主教與中國傳統文化格格不入，尤其是隻認上帝不認祖宗，中國人最不能接受，所以正統的人很少入教。教會為了發展教徒，難免不擇良莠，吸收了一部分名聲不佳者入會。一些不良教民依仗教會的勢力橫行鄉裏，民教矛盾因之日漸突出。因為朝廷不想惹糾紛，一旦有民教衝突，往往袒護教會，而百姓則視教民和袒護教會的官員為奸人。
張家莊教堂是巨野縣的中心教堂，主教薛田資負責整個巨野的傳教事宜，今晚十幾個人就是衝他而來。他們有人負責守門，有人負責在外圍放哨，有人負責破窗而入。當他們砸窗的時候，有人從裏麵開槍，但隻開了幾槍就沒子彈了。他們得以破窗而入，殺死了裏麵的兩個傳教士，卻發現其中並無薛田資。聽到槍聲的教民趕來，這幫人便匆忙逃走了。
原來，當天晚上有兩個外地的教士路過張家莊教堂，薛田資把臥室讓給客人住，自己去住南屋。他的臥室與更衣室相通，而更衣室的門並未關，他發覺有人進院後，摸了一根門閂躲在門後，結果搜他的人以為他已經逃走。他得以僥幸逃過一命，連夜逃到濟寧，發電報給德國駐華使館，德國使館立即轉電德國政府。
這就是著名的巨野教案。
清廷獲悉消息，立即發出諭旨命山東巡撫李秉衡速派司道大員馳往巨野破案，限十五日將凶盜拿獲懲辦。李秉衡派臬司毓賢和兗沂曹濟道錫良馳往查辦，在巨野先後逮捕五十餘人。一部分人隨後放了，有些人經不住嚴刑拷打死了。最後是以入室盜竊殺人結案，處死了三個所謂正凶。