清廷授予蒙古封建主王公爵位，任命為劄薩克（旗長）。劄薩克世襲，根據清廷的規定和法令處理旗務，並接受清廷的監督。劄薩克之下設協理台吉、管旗章京、梅倫、筆帖式等僚屬，協理旗務。旗內的土地和屬民由劄薩克支配，旗下設佐，為基本軍事單位，每佐設佐領一人，轄旗丁一百五十人，在旗劄薩克領導下，審理丁冊，征收稅課，排解糾紛，傳遞信件及征發人丁。佐領之下設驍騎校、領催，協助位領辦理軍政事務。每六佐複設一參領統轄。在佐之下，每十戶設一什長，為最低一級行政單位的管理人。清統治者為了不使旗劄薩克享有獨立權力，訂出會盟製度，在旗之上設盟，合數旗而成。盟不是實質性的管理單位，隻是一種實行監督的組織，一般不設辦理盟務的衙門。隻是在盟內各旗會盟時“簡軍實、閱邊防、理訟獄、審丁冊”。盟設正副盟長各一。每3年會盟一次，各盟均有固定的會盟地。盟長由理藩院於盟內各旗劄薩克中選人賽清帝任命兼攝。盟長的主要任務是充當會盟的召集人，不能直接幹預各旗內部事務，也無權擅自發布政令，隻是對各旗劄薩克起監督作用，並充當旗劄薩克與清go-vern-ment的中間人。蒙古舊有的部，隻在名義上保存下來，不具有任何行政職能。封爵為：
1親王
2郡王
3貝勒
4貝子
5鎮國公
6輔國公
7劄薩克台吉
8一等台吉(塔布囊)
9二等台吉(塔布囊)
10三等台吉(塔布囊)
11四等台吉(塔布囊)
12固倫額駙
13和碩額駙
14郡主額駙
15縣主額駙
16郡君額駙
17縣君額駙
外蒙古四部：土謝圖汗，賽音諾顏，車臣汗，紮薩克圖汗，下轄旗八十六個，計：土謝圖汗部20旗，屬汗阿林盟；三音諾顏部22旗，厄魯特2旗，屬齊齊爾巴克盟；車臣汗部23旗，屬克魯倫巴爾和屯盟；劄薩克圖汗部18旗及輝特部1旗，屬劄克必拉色欽比都哩雅諾爾盟。