拜占廷國家世俗權力和東正教教會的關係十分複雜，他們代表拜占廷社會世俗和宗教兩大勢力，在共同利益受到威脅時，他們能夠聯合，而在利害相互衝突時，則激烈鬥爭。總的看來，東正教教會一直處於皇帝的嚴密控製下，拜占廷帝國嚴厲的法律和富有實際效率的行政管理不僅剝奪帝國臣民參與國家政治的權力，而且也極大地限製教會參與國家政治活動的餘地。基督教教會獲得合法地位並成為國教以後，教會事務就成為拜占廷帝國國家事務的一部分，皇帝則成為教會的保護人。在晚期羅馬帝國普遍的精神危機中，基督教以宣傳和預言更加美好的未來世界，勸導人們出俗遁世、逃避現世苦難去追求永恒的幸福，贏得廣泛歡迎，也使統治者逐漸了解其安撫世人靈魂麻痹公眾精神的特殊作用，進而大力扶植和利用基督教。
拜占廷教、俗權力的特殊關係是在相互鬥爭中形成的。自4世紀基督教成為國教之初，拜占廷皇帝就享有控製教會的“至尊權”，這一權力是早期拜占廷皇帝作為羽翼未豐的教會的保護人而自然形成的。從理論上講，皇權和教權的結合是拜占廷君主權力的重要基礎，兩者相互支持，相互配合，皇帝需要教會從精神統治方麵給以幫助，而教會則在皇帝的直接庇護下發展起來。最初，皇帝對教會的權力是無限的，但是，隨著教會實力的增加，這種權力被侵害。因此，直到毀壞聖像運動爆發前，皇帝們維護其“至尊權”的鬥爭一直沒有停止，教、俗統治集體之間的鬥爭愈演愈烈。首先，皇帝們極力維護其召開基督教大公會議的權力。自君士坦丁一世於325年親自主持召開第一屆基督教大會後，塞奧多西一世、塞奧多西二世、馬爾西安、查士丁尼一世、君士坦丁四世和伊琳尼分別召開了其它各次大公會議。羅馬大主教馬丁（649－653年在任）曾企圖主持拉特蘭基督教大會，但旋即被皇帝君士坦二世下令押解至首都監禁，而後遭到流放，最終死於流放地。其次，皇帝們極力控製基督教高級教職人員的任免權，幹涉各教區爭奪最高地位的鬥爭。早期基督教曾以勢力最大的教會為首形成羅馬等大教區，325年的尼西亞會議確定羅馬、亞曆山大和安條克三大教區。隨著君士坦丁堡政治地位的上升，381年的大公會議在皇帝塞奧多西一世幹涉下，置亞曆山大和安條克教區的不滿情緒於不顧，確定君士坦丁堡教區地位上升至第二位，僅次於羅馬教區。451年的察爾西頓會議更進一步提高君士坦丁堡教區的地位。拜占廷皇帝牢牢控製羅馬和君士坦丁堡兩個最高教區的主教和大教長任免權，對不與皇帝合作者撤職迫害。君士坦丁一世就曾免去亞曆山大城主教阿苫納修斯的教職，塞奧多西二世則通過宗教會議罷免了君士坦丁堡大教長聶斯脫利，將其流放。查士丁尼一世統治時期，皇後塞奧多拉曾命令駐紮於意大利的拜占廷軍隊統帥貝利撒留罷免羅馬主教西爾維留斯（536－537年在任）。在8世紀中期以前，羅馬主教一直被迫聽命於拜占廷帝國皇帝，服從皇帝的指令，隨時到君士坦丁堡麵君。皇帝們則利用這一權力將那些敢於抗旨的教皇置於死地，其中最突出的例子就是教皇馬丁和維基流斯（537－555年在任），後者曾被軟禁於君士坦丁堡達七年之久，最後死於返回羅馬的歸途中。再者，皇帝們努力擴大其調解和仲裁教會爭端的權力。拜占廷皇帝極為重視教會內部的思想動向，一方麵是出於防止教會脫離皇權控製的考慮，另一方麵則是及時製止宗教爭端造成的社會分裂。自基督教成為國教以後至8世紀的數百年間，皇帝們幾乎參與和決定教會所有爭端的最後結果。除了我們上麵提到有關三位一體等重大神學教義之爭是由皇帝最終作出裁決以外，皇帝澤諾提出過旨在平息教義爭端的“聯合論”，伊拉克略一世提出過調和察爾西頓派和一性論派爭端的“兩性一意論”神學方案，[ 一性論主張上帝神性與信徒人性的聯合，而兩性一意提出基督雖有兩性但其唯一的意誌起決定作用，企圖繞開教義爭論的焦點，使各方都能接受。]君士坦二世甚至頒發了《信仰模式》[ 該信仰模式的主旨在於停止神學爭論，實現宗教和解。]作為全帝國基督徒共同遵守的信仰準則。皇帝們企圖以此保持其淩駕於教會各派之上的最高權力形象。