高氏在後宮爭強之際，高肇與宗室諸王的關係繼續惡化。《高肇傳》記載：
時順皇後暴崩，世議言肇為之。……及京兆王愉出為冀州刺史，畏肇恣擅，遂至不軌。肇又譖殺彭城王勰。由是朝野側目，鹹畏惡之。[57]
高肇敢於陷害諸王，是因為背後有宣武帝的唆使；諸王欲反，也以清除宣武帝寵任的高肇為理由。《京兆王愉傳》記載：
（京兆王愉）與弟廣平王懷頗相誇尚，競慕奢麗，貪縱不法。於是世宗攝愉禁中推案，杖愉五十，出為冀州刺史。始愉自以職求侍要，既勢劣二弟，潛懷愧恨，頗見言色。又以幸妾屢被頓辱，內外離抑。及在州謀逆，愉遂殺長史羊靈引及司馬李遵，稱得清河王密疏，雲高肇謀殺害主上。於是遂為壇於信都之南，柴燎告天，即皇帝位。赦天下，號建平元年，立李氏為皇後。世宗詔尚書李平討愉。愉出拒王師，頻敗，遂嬰城自守。愉知事窮，攜李及四子數十騎出門，諸軍追之，見執以送。詔征赴京師，申以家人之訓。愉每止宿亭傳，必攜李手，盡其私情。雖鎖縶之中，飲食自若，略無愧懼之色。至野王，愉語人曰：“雖主上慈深，不忍殺我，吾亦何麵目見於至尊！”於是歔欷流涕，絕氣而死，年二十一。或雲高肇令人殺之。斂以小棺，瘞之。[58]
元愉“貪縱不法”，受到懲處是理所當然的。但是他不思悔過，居然“在州謀逆”，而謀逆的理由竟是謊稱“高肇謀殺害主上”。宗室諸王與外戚高肇之間如水火不相容，已成眾所周知的現象。所以，元愉分明是“絕氣而死”，卻會被輿論稱為“高肇令人殺之”。
另一位權勢顯赫的宗室王彭城王勰之死，則起因於公開反對高氏立後。《魏書》卷21下《獻文六王下·彭城王勰傳》記載：
（彭城王勰）小心謹慎，初無過失，雖閑居宴處，亦無慢色惰容。愛敬儒彥，傾心禮待。清正儉素，門無私謁。性仁孝，言於朝廷，以其舅潘僧固為冀州樂陵太守。京兆王愉構逆，僧固見逼從之。尚書令高肇性既凶愎，賊害賢俊。又肇之兄女，入為夫人，順皇後崩，世宗欲以為後，勰固執以為不可。肇於是屢譖勰於世宗，世宗不納。因僧固之同愉逆，肇誣勰北與愉通，南招蠻賊。勰國郎中令魏偃、前防閣高祖珍希肇提攜，構成其事。肇初令侍中元暉以奏世宗，暉不從，令左衛元珍言之。世宗訪之於暉，暉明勰無此。世宗更以問肇，肇以魏偃、祖珍為證，世宗乃信之。[59]