俄國東正教教會是反改革力量最大的堡壘。早在1697年年初，莫斯科安德烈耶夫修道院的阿弗拉阿米修士就曾以文學形式批評了彼得一世新采取的一些措施，還要沙皇注意自己“不符合神意”的行為及國內的“不公正現象”。彼得一世沒有縱容這種行為。阿弗拉阿米及其追隨者都遭到了嚴厲的懲罰，阿弗拉阿米最終被流放。
在“胡子較量”中，也反映出了很多有趣的信息。崇拜胡須的風尚正是東正教教會造成的。教會認為，胡須是“上帝賜予的飾物”，剪掉胡子會破壞上帝賦予俄國男人的形象，使俄羅斯人看上去就像那些路德教徒、波蘭人、卡爾梅克人、韃靼人，甚至像貓、狗、猴子這樣的動物。保守勢力拿出了他們唯一能夠抗衡沙皇權威的上帝形象，以及教會這個永久的保守主義堡壘來回敬這位大帝。可以想象，這場鬥爭絕不是剪掉胡子那樣簡單，實際上正是西化與傳統，激進與保守，改革與反改革勢力的較量。而彼得一世堅定不移地推進這場胡須改革，並將剪胡子的做法從宮廷風尚提升到政府政策，從中我們就可以看到，這背後是彼得一世立誌將國家推向世俗化的決心，最終目標是令教會“歸順”國家。
在彼得一世的嚴厲政策下，特別是在反改革的牧首阿德裏安去世後，教會群龍無首，也一直不敢和彼得一世做正麵對抗，他們的選擇是找一個足夠分量的人代他們出頭，而這個人就是彼得一世的兒子，皇太子阿列克謝。
一、鎮壓皇太子叛亂
親人的背叛是最可怕的，彼得大帝改革事業最大的反對者恰恰都是自己身邊最親的人。彼得大帝母親和他的第一個妻子葉夫多基婭都屬於反改革派。葉夫多基婭雖然身為皇後，卻一直不受沙皇寵愛，長期與寂寞相伴，而她對改革的態度更是令彼得一世決心與她老死不相往來。1698年，葉夫多基婭被迫當了修女。可悲的是，葉夫多基婭在1690年還曾為彼得一世生下了這位大帝一生中唯一活到成年的兒子，皇太子阿列克謝。這個男孩起先還能跟母親一起生活，而沙皇本人則沒有什麽時間陪伴這位小皇子，也從未對這個兒子展現過溫情。於是阿列克謝9歲前一直由沉溺於古風偏見之中的母親照管，母親被幽禁後，可憐的小阿列克謝又生活在仇恨沙皇的人們中間。由於父子的疏遠，皇太子並不了解父親事業的意義和艱難，加上母親被囚，他反而被那些反改革的力量有意接近，逐漸成為反改革派寄予厚望的核心。