《訄書》的最初刊本是木刻本，列目五十，自《尊荀》第一始，《獨聖》下第五十終。書後另有《訄書補佚》，收《辨氏》《學隱》兩篇。
《訄書》的輯訂結集，據章太炎稱，在“辛醜後二百三十八年十二月”，是他在戊戌政變後避居台灣時修訂的。原刊本手稿，《製言》第二十五期有照片。
章太炎在台灣曾將《訄書》交給館森鴻看，《儒術真論序》謂章將文稿五十篇見示，即指《訄書》。又館森鴻《送章枚叔序》更稱，讀其《訄書》認為，“議論驅邁，骨采雄麗，其說時務，最精最警，而往往證我維新事例以譏切時政”，對之十分推服。
但《訄書》的付梓，則為光緒二十五年（1899年）冬，是在蘇州刊印的。
原刊本卷首有梁啟超題簽。查章太炎在台灣編訂《訄書》後，於光緒二十五年五月初三日（1899年6月10日）“發基隆”，初七日（6月14日）“步上神戶”。至日本後，先後寄寓橫濱清議報館和東京梁啟超寓所，題簽當為章太炎在日本時請梁啟超所書。
原書本似以“甲午秋”寫的《獨居記》（《明獨》）為最早，其中《儒墨》《儒道》《儒法》《儒俠》《儒兵》曾在《實學報》發表。《民數》在《譯書公會報》發表，《平等難》、《讀管子書後》（《喻侈靡》）、《東方盛衰》在《經世報》發表，《蒙古盛衰》在《昌言報》發表，《客帝》在《清議報》發表。另外，《經世報》上的《變法箴言》修改為《播種》。