上海圖書館藏《訄書》原刊本上有章太炎改本，其中：
第一，《儒法》第四“仲舒之決事比，援附格令”，“格令”改為“經讖”。
第二，《客帝》第二十九上有眉注，“辛醜後二百四十年，章炳麟曰：餘自戊己違難，與尊清者遊，而作《客帝》，棄本崇教，其流使人相食。終寐而熲，箸之以自劾錄，當棄市”。
第三，《官統》第三十“以其六典，上諸孔氏”，“孔氏”改為“大旅”。
第四，《分鎮》第三十一，“鹹豐之季，潢池日擾，重以外寇，天下之勢，阽阽如絫九丸”，“潢池日擾”，改為“漢帝已立”，“天下之勢”改為“孤清之命”，還有其他改動和眉注。
這些改動，關涉到對今文經學的批判和對“漢帝”“孤清”的看法。他的修改，應在1900年義和團運動以後，明確一些，可說在這年七月上海“國會”召開，章太炎“割辮”以後。
上海圖書館另有：
第一，章太炎手寫修改目錄一份，列《原學》第一到《解辮發》第五十七，另《明群》《東鑒》《原教》等未編入，實為六十四篇。
第二，《訄書》手稿殘冊，即上項目錄所增部分篇文，今存《尊史》、《原教》上、《官統》中、《禮俗》、《通法》、《述圖》、《王學》、《顏學》、《消極》、《方言》等十一篇，末附《定賦》，即後來重印本《定版籍》部分內容。