重印本於1904年出版，東京翔鸞社印刷，鉛字排印，署“共和二千七百四十五年夏四月出版”，封麵鄒容題簽，內有章氏相片，次年秋八月再版，“七年秋七月”又行再版。
章太炎在《訄書》付梓後即行修改，上揭手校本，手稿殘冊就是修改證明。據《太炎先生自定年譜》“光緒二十八年壬寅”記：“餘始著《訄書》，意多不稱，自日本歸，裏居多暇，複為刪革傳於世。”次年，即因“蘇報案”入獄，《訄書》重印本“扉頁”章太炎照片後，說是章氏“被逮，而《訄書》改訂本則已於前數月脫稿，閱一年，其友為之出板”。那麽，他修改《訄書》始於“付梓”後，到1902年“刪革”就緒。
重印本的篇目和手校本大體相同，計收前錄《客帝匡繆》《分鎮匡繆》兩篇，另《原學》到《解辮發》六十三篇，共六十五篇，對原刊本頗有增刪。
“刪革”後的《訄書》，除前錄“匡繆”外，大體可分四類：
一是《原學》第一到《學隱》第十三，論述先秦諸子到近代的學術史，力圖“觀省社會因其政俗”，對中國古代學術思想發展變化的曆史做出說明。
二是《訂實知》第十四到《冥契》第三十，用生存競爭學術解釋自然界和人類的發展。
三是《通法》第三十一到《消極》第五十五，在政治、經濟、軍事、文化、教育等方麵，為“後主立製”，提出建設方案。
四是《尊史》第五十六到《解辮發》第六十三，探討編著史書，以明“社會政治盛衰藩變之所原”。