《檢論》的成書年代，據《太炎先生自定年譜》“民國三年甲寅”：“餘感事既多，複取《訄書》增刪，更名《檢論》，處困而亨，漸知《易》矣。”這年，他在家書和《致龔未生書》中多次提到《訄書》，如8月11日《致龔未生書》囑將“自著《訄書》改削稿本”寄來，似指上述手改本，可知是他1914年在手改本的基礎上“修治”付印的。
《檢論》改為九卷，《客帝匡繆》《分鎮匡繆》《解辮發》等篇均刪（手改本還保留）。增加的篇目，有的為手改本所無，如《易論》《尚書故言》《關雎故言》《詩終始說》《禮隆殺論》《春秋故言》等。
1915年，上海右文社鉛字排印本《章氏叢書》出版，收有《檢論》，1919年浙江圖書館刊本出版。另見四川有排印本，書肆有石印本。
《訄書》的版本，據目前所知，大體如上。了解它的修訂、出版情況，對研究章太炎思想是有幫助的。