東京大學文學部藏書，也按四庫分類法，編有《東京大學漢籍コニナし所藏鈔本目錄》《東京大學漢籍コニナし所藏明版目錄》。明版精本不多，但崇禎刊本《說文長箋》（序為崇禎四年，1631年）一百卷、《六書漢義》七卷，首二卷，明趙宦光撰，其子均等定，明末刊行，流傳較少。明清小說也有收藏。
又在文學部中國哲學史室，見有光緒二十四年（1898年）大同譯書局本《孔子改製考》，白紙正楷，與國內所見紙張不同。又見康有為《春秋董氏學》紅本，康氏《中庸注》《論語注》都有，《大學注》終未找到。東大藏有《孔子改製考》初刻本和《春秋董氏學》紅本，不知是否康氏或其弟子攜來，上有印章“東京帝國大學圖書館印”。
又抄本中《論語義疏考訂》，有吳騫序，注明由日本得之，也很珍貴。
另外光緒十四年（1888年）後邸抄、宮門抄也有收藏。