政變發生後，畢永年即出逃日本，謁見孫中山。不久，唐才常亦避地日本，“永年乃介紹之見總理於旅次，對於湘、粵及長江沿岸各省之起兵策畫有所商榷”。畢、唐都主張孫、康兩黨聯合進攻之議。因康有為堅持保皇，“性情固執，勢難合作”，孫中山“乃派永年偕日人平山周赴湘、鄂各地視察哥老會實力，居湘、鄂逾月始東渡複命”[13]。日本岡山木堂紀念館所藏畢永年筆談、題詩，正是畢永年赴日、返國時所寫。筆談原文是：
先生見教極是，湘人素稱勇悍，仿佛貴邦薩摩。今回因西後**虐已極，湘人激於義憤，鹹思一旦製其死命。仆遠在此間，不知湘中刻下已有舉動否？但昨飛電急催，則情形可想，如已箭在弦上，不得不發，則將來各國幹預時，亦望貴國出而幹預，則仆等自有成算，惟先生察已。
旁邊注文：“畢永年，湘南人，字鬆琥。”似為犬養毅所注，則本件或為畢永年和犬養毅會晤時的筆談。
題詩《留別同誌諸君子》：
日月久冥晦，川嶽將崩摧。中原羯虜淪華族，漢家文物委塵埃。又況慘折忠臣燕市死，武後**暴如虎豺。湖湘子弟激憤義，洞庭鼙鼓奔如雷。我行遲遲複欲止，蒿目東亞多悲哀。感君為我設餞意，故鄉風味儼銜杯。天地澄清今有待，大東合邦且徘徊。短歌抒意報君貺，瞚看玉帛當重來。
筆談提到“今回因西後**虐已極，湘人激於義憤，鹹思一旦製其死命”，似乎矛頭還隻針對慈禧太後。而題詩則雲“中原羯虜淪華族，漢家文物委塵埃”，反清的民族色彩，已溢於言表。這是因為畢永年本來和秘密會黨有聯係，赴日本後又受孫中山的影響，從而逐漸傾向革命。
一個多月後，畢永年經湖南、湖北回到日本，告訴孫中山“哥老會各龍頭多沉毅可用”。孫中山“遂力主湘、鄂、粵同時大舉之策。因使永年二次內渡，偕各龍頭赴香港謁陳少白、楊衢雲等商量合作方法”。永年遂於1899年冬偕楊鴻烈、李雲彪、辜天祐、辜鴻恩、張堯卿、師襄等人至港，畢永年曾“提出興中、三合、哥老三大團體公推孫總理為總會長之議”[14]，並引導楊鴻烈、李雲彪等往日本謁見孫中山。1900年夏，畢永年同楊、李諸龍頭居滬，“日促總理克期大舉，以乏餉械故，遲遲未得確訊”。這時，唐才常正在上海發起正氣會。畢永年感到正氣會宣言書既曰“低首腥膻，自甘奴隸”，又說“君臣之義，如何能廢？”是自相矛盾，“以此相駁詰”，唐才常說是“須恃保皇會款接濟，為權宜計，不得不措辭如是”。永年“大非之”，而楊、李諸龍頭在上海又“浪用無度”，“向才常報名領款，願為勤王軍效力”。畢永年力勸唐才常和康有為斷絕關係，唐不肯從。畢永年受種種刺激，“遂憤然削發，自投普陀山為僧”，他曾貽書平山周，說“舉國之人，無不欲肥身贍家以自利者，弟實不願與斯世斯人共圖私利，故決然隱遁，歸命牟尼”。[15]