康有為、章太炎在日本流亡期間，和孫中山都有關涉。
“政變”發生，康有為流亡日本。這時，資產階級革命派孫中山、陳少白也在日本，“以彼此均屬逋客，應有同病相憐之感，擬親往慰問，借敦友誼”，曾托日人宮崎寅藏、平山周等向康有為示意。康有為表示自己奉有光緒皇帝的“密詔”，不便同革命黨人往來，拒絕會晤。孫中山又通過日本人的關係，組織一次孫、陳、康、梁的會談，商討合作方法。康有為不到會，派梁啟超為代表，沒有談出什麽結果。孫中山複派陳少白往訪，梁啟超導陳見康，少白反複辯論至三小時，請康有為“改弦易轍，共同實行革命大業”。康答回：“今上聖明，必有複辟之一日，餘受恩深重，無論如何不能忘記，惟有鞠躬盡瘁，力謀起兵勤王，脫其禁錮瀛台之厄，其他非餘所知。”[23]拒絕合作。
據宮崎滔天回憶：
次日（十月二十六日），孫逸仙先生來訪，要我介紹與康先生會晤。康托詞拒絕。孫先生之所以要見康，並非在主義方針上有如何相同之處，而隻是對他當前的處境深表同情，意在會麵一慰他亡命異鄉之意，這實在是古道熱腸，一片真誠。而康先生之避而不見也自有其理由，蓋從清帝看來，孫先生為大逆不道的叛徒，懸賞而欲得其首級。孫先生之視清帝，亦不啻是不共戴天之仇，伺機想一蹴而推翻他。而康有為先生雖然中道挫折，亡命異國，但依然夢想挽回大局，恢複皇上的統治，自己作一個幕後的人，以立空前的大功。因此，無論從以往的情義上，從怕受人懷疑這個利害的觀點上，不願會見孫先生是無可厚非的。[24]
又說：
同時康先生心中尚懷有另一個夢想，可能也是他不願接近孫先生的一個原因，那就是他的自負心。他心中暗自有所期待，以為以自己的地位一定會說服（外務）大臣同情自己，允許派兵牽製守舊派，以便挽回自己的勢力的。這種自負心是由信賴心產生的，這是過於相信自己。[25]