章太炎和康有為，一個治古文經學，一個借今文議政。學術淵源不同，治學方法不同。章氏在時務報館與康門弟子共事期間，就發生過爭論。他自己也感到“論及學派，輒如冰炭”，視“康黨諸大賢”宣傳康有為學說，是“病狂語，不值一欪”[40]，又怎會政變失敗，同情康、梁，和“紀孔”者遊呢？
章太炎對康、梁的同情，主要是對康、梁改良派政治主張的讚成。甲午戰後，外侮頻仍，國勢浸衰，康有為等改良派對封建頑固勢力和洋務官僚進行鬥爭，提出變法圖存的主張，代表當時中國社會發展的趨勢，具有進步的意義。因此，他曾“贈幣”強學會，助編《時務報》，在實際行動中進行了維新宣傳，甚至在自己的論著中還滲附了某些今文學說。
今文學派的學說，並不排斥其他學派的援用，但作為嚴守家法的古文學家來說，每每視若鴻溝。章氏自稱：“餘治經專尚古文，非獨不主齊、魯，雖景伯（賈逵）、康成（鄭玄）亦不能阿好也。”“餘以為經即古文，孔子即史家宗主”[41]。但當他任職《時務報》前，曾闡述辦報宗旨是“馳騁百家”，“引古鑒今”，“證今則不為卮言，陳古則不觸時忌”[42]。主張“陳古”以“證今”，“引古”以“鑒今”。並且舉了西漢王式以《詩經》三百五篇“諫”昌邑王的故事。隻要有助於當時政治改革的說教，即今文經師的援經論政，也可用以“證今”。任職《時務報》後，在《論學會有大益於黃人亟宜保護》中，更提到《春秋》公羊學家所鼓吹的“大一統”“通三統”，也提到喜以陰陽災異議論時政的《齊詩》。為什麽呢？他以為“大一統”是“整齊風俗，範圍不過”；通三統是“益損政令，九變複貫”和吸收“殊方異俗”的“長技”，“以衛吾一統之教”。也就是說，凡是西方資本主義國家（“殊方異俗”）的“長技”，可資中國借鑒的，可以作為“益損政令”的參考。說明不能“唯舊章之守”，而須“發憤圖自強”[43]。又就《齊詩》的“革命”“革政”加以發揮，認為在當時的社會條件下，應該“禮秀民，聚俊才”，進行“革政”，亦即實施政治改革。可知章太炎的援用《公羊》《齊詩》，旨在闡明變法的必要性。章太炎在戊戌變法時期，政治上同情資產階級改良派，在自己的文章中，也運用了今文觀點。他治的是古文經學，但在這個時期，對有助於變法宣傳的今文經說也不排斥。他所以沒有嚴守“師法”，主要是為了解決當時的社會實際問題。而依附今文的康有為等，卻在這時展開變法維新活動。以挽救民族危機、進行變法圖強來說，章氏對康、梁的政治主張表示讚同。