百日維新期間，新、舊鬥爭尖銳，特別是到了9月間，雙方劍拔弩張，硝煙彌漫。9月4日，禮部尚書懷塔布、許應騤，侍郎堃岫，徐會灃、溥頲、曾廣漢等，以阻撓主事王照條陳被革職，王照卻賞給二品頂戴，以四品京堂候補。9月5日，賞楊銳、劉光第、林旭、譚嗣同加四品卿銜，在軍機章京上行走，參預新政事宜。這些人事變動，當然激起後黨的憤恨和震驚。懷塔布、楊崇伊等先後到天津看榮祿，策劃政變，圖謀推翻新政。光緒害怕“今朕位幾不保”，於9月15日和17日接連發出兩次“密詔”，命改良派等“妥速籌商，密繕封奏”，伊藤博文恰恰就在這時拜見總署王大臣，覲見光緒。
值得注意的是，後黨加緊政變步伐，光緒兩發“密詔”，和伊藤在北京的活動緊密相關。如前所述，9月15日，總署王大臣接見伊藤，奕劻、崇禮、廖壽恒、張蔭桓參加。廖壽恒是《日本變政考》的代呈者，而領銜大臣則為後黨的奕劻。在接待時，伊藤盛讚光緒“聰敏而勤於政事”，以及革除積弊、振興庶政、勵精圖治以求變法，而感到“深深欣幸”[21]。會後，談話內容和伊藤對光緒的印象，後黨是不會不向慈禧上報的。就在這天，光緒帝命楊銳帶出第一次“密詔”，諭以政變危機，速籌對策。
9月16日，據《德宗景皇帝實錄》，光緒詣頤和園樂壽堂，向慈禧請安。還召見袁世凱，擢其為侍郎，責成專辦練兵事務。同日，下詔編列預算，據梁啟超《上諭恭跋》，這和康有為“草疏請仿日本例，置參謀本部”，以及《日本變政考》發明“預算決算而理財用”有關，它剛好在伊藤覲見前夕發表。這天，李鴻章、王大臣先後訪問伊藤。光緒皇帝又恰恰在第二天（17日，即八且初二日）召見林旭，交予第二次“密詔”。