蔡元培的初心是將北京大學辦成中國的學術機構，而北京大學最終的政治參與，並非他的初衷。但是，蔡元培在1918年秋受歐戰結束之後國際和平潮流的影響，其參與政治的樂觀理想一度被激發。北京大學的政治參與，也是在蔡元培熱衷於國內政治的背景下，愈演愈烈的。
在推動蔡元培卷入政治旋渦的過程中，蔡元培的老友熊希齡發揮了積極作用。1918年10月23日，研究係的熊希齡聯合張謇、王寵惠、徐佛蘇等人發起組織和平期成會的通電，蔡元培也列名其中。[63]1918年11月3日，蔡元培當選為和平期成會的副會長，正會長為研究係的熊希齡。[64]10天之後，蔡元培和熊希齡以和平期成會的名義，致信當時的大總統徐世昌，呼籲成立和平機關，實現南北和平。[65]此時的蔡元培已經思出其位，將很大精力投入到國內的和平運動上。蔡元培的實際行動已經違背了他在1917年就任北大校長時公開宣稱的“不涉政界之決心”[66]。在參政問題上，蔡元培這種言行不一的矛盾，很大程度上是由歐戰結束所造成的和平潮流所致。1918年11月15日，蔡元培參加了慶祝協約國勝利的公眾集會。他在會上發表《黑暗與光明的消長》的演說，其中談道：“世界的大勢已經到了這個程度……我希望國內持強權論的，崇拜武斷主義的，好弄陰謀的，執著偏見想用一派勢力統治全國的，都快快拋棄了這種黑暗主義，向光明方麵去嗬！”[67]蔡元培這裏所批評的“崇拜武斷主義的”，就暗指段祺瑞為首的皖係軍閥，他們一直夢想著用武力統一中國。事實上，蔡元培對皖係軍閥公開的不點名批評，已經讓他觸及軍閥政治的雷區：此即皖係軍閥所能容忍的限度。
很快蔡元培也意識到他不該過度地卷入現實政治紛爭。1919年1月7日，蔡元培在《政府公報》上刊登啟事，宣布與各種政治團體脫離關係，將“委身教育，絕不與聞政治”[68]。這個啟事特意刊登在官方公報上，說明蔡元培此前的幹政言論應給他造成了諸多的政治壓力，才使他不得不重申“絕不與聞政治”的初衷。奇怪的是，其後的蔡元培仍然繼續與研究係核心人物保持密切往來，並參與研究係組織的政治活動。1919年2月12日，蔡元培和研究係的汪大燮、熊希齡、林長民等人，發起國際聯盟同誌會，並在北京大學法科大講堂開成立大會。這個國際聯盟同誌會選舉研究係的領袖梁啟超為理事長，研究係的幹將林長民為總幹事，顯然這是研究係所控製的一個團體。[69]此外，研究係在1919年2月16日成立的國民外交協會，也請蔡元培出任理事。[70]其後，研究係於2月23日在北京中央公園舉行的公開演說活動中，蔡元培也前往發表演說，鼓吹國民外交，號召“我國民不可不乘此機會，以為少數外交當局之後援”[71]。也是在此背景下，具有皖係軍閥背景的複古派林紓在1919年2月17日發表詆毀北京大學新文化運動的小說《荊生》；一個月之後，林紓又在《公言報》上刊登文章，公開批評北大校長蔡元培，從而引出林、蔡之間的筆墨官司。林紓的後台是皖係軍閥徐樹錚。林紓出麵批評蔡元培，其實代表著皖係軍閥對蔡元培和他的北京大學幹預政治的不滿。其後，教育總長傅增湘也致信蔡元培，批評北京大學的新文化運動已經“逾出了學術範圍之外，將益啟黨派新舊之爭，此則不能不引為隱憂耳”[72]。