在太平天國與清政府的這場殊死搏殺中，內部穩定情況以及人心向背、糧餉供應、外交等因素，都對戰局走勢產生了不小影響。領導層內部互相傾軋便是導致太平天國由盛轉衰乃至最終敗亡的一個重要原因。
自起義立國始，太平天國實際上有兩個權力核心。洪秀全並不擁有一言九鼎的絕對權力，因為他與楊秀清除君臣名分外，還有一層子與父的關係：當楊托稱天父下凡時，作為天父次子的洪不得不俯首聽命。這種怪異的權力格局為洪楊之爭埋下隱患。不過，太平軍初期一直流動作戰、處境險惡，加上資曆甚深的馮雲山、代天兄下凡傳言的蕭朝貴所起的權力製衡和居中協調作用，所以首義諸王尚能做到和衷共濟。就連清方也承認，“夫首逆數人起自草莽結盟，寢食必俱，情同骨肉，且有事聚商於一室，得計便行，機警迅速，故能成燎原之勢”[1]。及至定都，馮、蕭業已陣亡，北王韋昌輝、翼王石達開資曆相對較淺，前之有人居中協調牽製的局麵已不複存在，變成洪楊的直接碰撞，兩人的摩擦隨之增多。
定都後的楊秀清居功自傲，專橫跋扈，每當與洪秀全意見相左時，便以天父下凡名義逼迫其就範，甚至以天父身份下令杖責後者，事詳《天父下凡詔書》第二部。在韋昌輝等人麵前，他更是百無禁忌，動輒濫施**威，故而結怨太多，陷入孤立。就連清方也看出端倪，推測“楊賊與昌輝互相猜忌，似不久必有並吞之事”[2]。
以楊秀清逼封萬歲為導火線，洪、韋、石等人密議誅楊。昔日同打江山的生死兄弟變得水火不容，非一死不能了之。韋昌輝率秦日綱、陳承瑢具體執行誅殺行動，血洗東王府，將楊秀清懸首示眾，接著在全城清洗楊秀清部屬，前後殺戮兩萬多人。洪秀全以及聞訊返京的石達開均不讚同濫殺無辜。韋昌輝又將石達開滿門抄斬，並脅迫天王懸賞誅殺縋城脫逃的石達開。內訌進一步升級。石達開起兵討韋。洪秀全將韋昌輝淩遲處死，召石達開回天京。追隨韋昌輝大肆殺戮的秦日綱、陳承瑢被誅。但變亂並沒有就此結束。因洪秀全心有餘悸，對異姓大臣放心不下，石達開負氣出走，率十餘萬精銳遠征他方，從此與洪分道揚鑣，直至最終兵敗大渡河。這場內訌使太平天國一時間“朝中無將，國內無人”[3]，元氣大傷，人心離散，導致戰局急轉直下。