太平天國建都後，僅派孤軍北伐，小刀會占領上海後也未派兵策應，而是將重點放在天京上遊。湘鄂贛皖四省遂成為血戰玄黃的主戰場。曾、胡、左三人合力苦撐戰局，做到這一點頗為不易。
清政府內部存在不少矛盾，除滿漢芥蒂外，還包括中央與地方，官僚與士紳，八旗與綠營，以及八旗、綠營與湘軍的矛盾。在空前危機逼迫下，清政府上下不得不調整內部關係。鹹豐帝在戰爭初期相繼任用林則徐、李星沅、周天爵、徐廣縉、陸建瀛、向榮等漢人大吏為欽差大臣，以及曾國藩重用滿族軍官塔齊布，胡林翼籠絡湖廣總督官文，胡林翼、左宗棠大量起用士紳，均說明了這一點。但矛盾不可能就此消弭，有時還會發酵。
湘軍自募人馬、就地籌餉，幾乎等同於曾國藩的私家軍。這成為清廷一大心病，何況曾國藩是漢人。鹹豐四年（1854年）秋湘軍克複武昌，鹹豐帝大喜，表示“不意曾國藩一書生，乃能建此奇功”。某軍機大臣提醒說：“曾國藩以侍郎在籍，猶匹夫耳。匹夫居閭裏，一呼蹶起，從之者萬餘人，恐非國家福也。”[18]鹹豐帝默然變色，遂收回任命曾國藩署理湖北巡撫的成命，改授兵部侍郎，擢胡林翼署理鄂撫。胡林翼原本依附湘軍征戰，資曆與戰功均遜於曾國藩。鹹豐帝借胡抑曾，欲分而治之，避免曾國藩坐大；另大力扶持江北大營、江南大營，以確保經製兵的優勢，讓湘軍充當配角。而滿族權貴官文以欽差大臣、湖廣總督身份坐鎮武昌，明顯帶有就近挾製胡林翼等漢臣的用意。
曾國藩、胡林翼沒有糾纏於意氣之爭。曾年長胡一歲，致函時均稱對方“潤之宮保老前輩大人閣下”，以示敬重。江西激戰正酣時，曾見湖北戰局危殆，仍撥兵救援胡。兩人聯手攻克安慶後，曾推胡為首功，奏稱“其謀始於胡林翼一人畫圖決策”，“前後布置規模、謀剿援賊，皆胡林翼所定”。胡林翼則投桃報李，悉心扶植湘軍。曾國藩以侍郎虛銜在江西帶兵征戰，動輒受製於人，心境鬱悒，鹹豐七年（1857年）借丁憂之名返湘守製。他上書說，江西軍事“添臣一人未必有益，少臣一人不見其損”，“以臣細察今日局勢，非位任巡撫有察吏之權者，決不能以治軍；縱能治軍，決不能兼及籌餉。臣處客寄虛懸之位，又無圓通濟變之才，恐終不免於貽誤大局”，欲以退為進，謀巡撫一職。鹹豐帝不為所動，將曾國藩晾了一年。駐贛湘軍號令不靈，幾成一盤散沙。胡林翼再三為曾國藩陳情。經他苦心撫馭，駐鄂湘軍沒有陷入紛亂。因戰局吃緊，清廷於鹹豐八年（1858年）五月起複曾國藩，派他赴江西督率舊部，頭銜為“辦理軍務、前任兵部侍郎”，依舊有名無實。鹹豐十年（1860年）夏，僧格林沁的滿蒙騎兵正在北方抵禦英法聯軍，江南大營繼江北大營之後潰敗解體，蘇浙大震，危如累卵。鹹豐帝別無選擇，隻好加曾國藩兵部尚書銜，署理兩江總督，不久改為實授，並指派其為欽差大臣，督辦江南軍務，節製大江南北水陸各軍。曾國藩從戎七年，苦熬七年，終於被委以大任，得以放開手腳實施“四省合防，以剿為堵”戰略。