先談城市外觀的變化。吳敬梓《儒林外史》就明代南京城描述道：“這南京乃是太祖皇帝建都的所在，裏城門十三，外城門十八，穿城四十裏，沿城一轉有一百二十多裏。城裏幾十條大街，幾百條小巷，都是人煙稠集，金粉樓台。”這奠定了南京作為東南第一大都市的規模和輪廓。太平軍攻城時在儀鳳門炸開一個二丈餘缺口，後又加以修葺，所以城牆基本保持完好。
城內建築則發生較大變化，有新建也有毀損。太平天國諸王府成為全城最為醒目壯觀的象征性建築。例如，天王府是在清兩江總督衙門舊址上擴建而成，氣勢磅礴，窮極壯麗。洪秀全描摹道：“京都鍾阜，殿陛輝鮮，林苑芳菲，蘭桂疊妍，宮禁煥燦，樓閣百層，延闕瓊瑤，鍾磬鏗鏘。”[3]
建成這些王府耗費無數人力物力，並使南京原有建築大量被毀。據載，“天賊、東賊偽府，多毀民居，拓益其巢穴”[4]；“製軍署作天王府，黃泥岡作東王府……民房瓦，皇城磚，上河水盡蕪湖盤”[5]。據趙烈文《能靜居日記》卷20，“皇城”指毗鄰朝陽門（今中山門）的明皇城，先前已因太平軍猛攻位於午門前的八旗兵駐防城（俗稱“滿城”）而受損，至此完全淪為廢墟。太平軍搜挖金銀是導致建築受損的另一個主要因素。該城陷落前後，城內官紳富商等紛紛設法藏匿財物，太平軍遂有大範圍搜挖金銀、追繳浮財之舉。據載，“賊間有於井中及花台得金銀者，於是凡井中及花台、夾牆、仰板悉開挖，或有或無，或但見一缸水者，而金陵房屋靡不拆壞”[6]。另有一詩描述道：“……傾筐倒篋欲未饜，下掘地板上衝屋；還恐金銀藏複壁，以刃撞壁壁幾覆”，為“物無貴賤同時殘”“家無大小同時破”[7]而噓唏不已。此外，太平軍在南京實行嚴別男女政策，將全城居民以25人為單位，按照性別分別編入男館或女館，選擇寬敞房屋集中居住，俗稱“打館”。據在城內開油坊的王永年自述，某日午後某太平軍首領來到其宅院，“令以東院居眾兄弟，西院居眾姐妹，前後牆門堵斷，並將街鄰驅入，以左右屋二十四間住滿為度，名曰男、女館”[8]。此舉使許多民居空寂無人，被辟為館子的房屋內部結構則不同程度受損。