以上不少舉措帶有鮮明的戰時體製特征。太平軍進占南京未幾，清廷便調兵遣將，在鍾山南麓孝陵衛一帶組建江南大營，與北岸揚州郊外的江北大營遙相呼應，形成圍攻、鉗製之勢。此後戰局雖屢有起伏，但清廷調重兵克複南京的思路一直沒有改變。為應對這一嚴峻局麵，太平天國起始就推行戰時體製，全城始終處於戒嚴狀態，除取消家庭、對居民按性別實行軍事編製外，還逐月登記、清點人口，凡進出城須持印憑，稽查甚嚴，以防範清方奸細。初期隨法國使團來訪的葛必達（S.Clavelin）神父便指出，“南京與其說是一座城市，還不如說是一座軍營”[27]。這勢必有別於和平環境下的城市治理，遑論城市建設。
南京原先店鋪林立，百貨雲屯，工商輻輳。太平天國在克城前頒布過一份安民告示，敦告“士農工商各力其業”，但僅具有宣傳意味。定都後刊布的《天朝田畝製度》明確宣布“天下人人不受私，物物歸上主”，加之全城實施戒嚴，私營工商活動遂遭取締。為滿足軍需等供應，太平天國在南京用軍事編製（館）組織民人進行生產勞動，分兵器、火藥、建築、食品、日用品、服飾、印刷等大類。據滌浮道人《金陵雜記》，其具體細目有59種之多，統稱“衙”，如典織衙、豆腐衙等；因規模、人數不等，又有“營”“館”之別，大者如典織衙又稱“織營”，小者如豆腐衙又稱“豆腐館”。該製度發揮了重要作用，“使被脅百工技藝各有所歸，各效其職役，凡軍中所需咄嗟立辦”[28]。全城軍民日常生活必需品由聖庫按是否為官、官銜大小等標準分別定額供應，即聖庫製度。
上述兩種經濟方麵的戰時體製能否維持下去，關鍵取決於物資特別是糧食能否得到及時補充。南京城內的大部分麵積是耕地，早期隨本國使團來訪的英國費熙邦艦長、法國葛必達神父、美國克陛存（M.S.Culbertson）牧師均談到這一細節。太平天國官方在闡釋建都南京的優勢時，描述該城“街衢廣闊，田園豐美”[29]，分別談到市區與耕作區。時人筆記也有相關記載。王永年起初在男館中幹雜役，在編入北伐部隊後潛藏在外城下關豆腐巷老人館內，“天將明，飽食後，散伏大麥、蠶豆叢中”[30]。正因為南京有大麵積農田，太平天國特意設立典農官和豆腐館，派人種菜、磨豆腐。有一則記載說：“賊見菜地，爭貼封皮，即據為己有，使人種菜，亦不打仗，故匿於菜園者亦數千人。”[31]不過，由於耕地以菜園為主，加上城內人口龐大，所以糧食根本無法自給。為緩解物資緊張問題，太平天國在1854年間采取變通方法，派人出城采購，在城內北門橋設肆，有米、油、茶點、海味、雜貨、玉玩、綢緞、布匹各店，轉賣各館；店鋪本錢由聖庫支撥，屬官營性質，稱天朝某店，嚴禁私賣；另準許老人館開茶肆。因物價騰貴，且管理難度大，這些店鋪不數月均關歇。南京完全失去原先作為商貿中心的功能。