翁同龢“薦康”說的興起與流衍，是從康有為公開談話、《駁叛犯康有為》、清廷革黜翁氏上諭、《戊戌政變記》、《懷翁常熟去國》詩注、《康南海自編年譜》等文獻的傳播中表現出來的。隨著時間的推移，這些文獻（特別是康、梁的著述）對翁、康關係的記載越來越詳盡，細節越來越豐富，膨化出大量的無法證實的生動“事實”。然而，民國14年（1925年）4月由商務印書館涵芬樓首次影印刊行的《翁文恭公日記》中卻毫無“舉薦”康氏的記載。世人多以日記曾被刪改為由，推測原來涉及“薦康”的文字可能已被刪去，一些攻擊康氏的詞句是後來添加的，其目的是為了掩蓋與康氏的密切關係。這些推論今天看來並不確切。《翁文恭公日記》是我們據以研究翁、康關係最主要的翁氏著述[60]，翁同龢自刪日記的情況，需要重新分析和評價，這也是澄清翁氏“薦康”疑案不可缺少的內容。
從前文考述可知，翁氏最初刪改日記恐係因朝廷諭旨中“其才勝臣百倍”一語所引起。戊戌年四月初七日記中“其才勝臣十倍”一句至遲在己亥年（光緒二十五年，1899年）十一月二十一日已刪去。至於其他相關內容的刪改，似在庚子年（光緒二十六年，1900年）春季。日記庚子正月初十日記：“連日看從前日記，擬自撰年譜也。”同月二十八日記：“檢日記至甲午年，悵觸多感。”同年二月初四又記：“一日隻檢日記一本，甚厭，悵觸。”[61]這幾條零星的記載表明，翁氏欲編自撰年譜，開始檢閱曆年日記。顯然，對甲午至戊戌部分內容的刪改、重繕應在此時。翁氏手撰《鬆禪年譜》一直由其後人保存。[62]從年譜內容與日記的對比分析也可看出，前者是利用刪改後的日記為基本材料編寫的，許多內容是彼此呼應的。因此，翁氏刪改日記的時間大致應在己亥十一月至庚子二三月間。