有關翁同龢開缺的真實原因，比較通行的說法是因為翁氏支持皇帝變法、舉薦康有為而激怒了慈禧太後，故強令光緒帝將翁罷職。同時也與太後的心腹重臣剛毅、榮祿從中構陷相關。這樣的表述很容易將翁的開缺與滿漢矛盾聯係起來。雖然，當時翁同龢與朝中滿洲權貴多不融洽，但也因人而異，他們對翁的態度並非完全一致。
戊戌年春策動將翁罷職最有力者是軍機大臣剛毅而非榮祿。由於康有為、梁啟超在政變後極力攻擊榮祿，將其視為慈禧發動政變的幫凶。[3]受其影響，人們多將榮祿視為排擠翁氏的主要人物，這與實際情況是不符的。
從當事人的角度看，翁同龢本人認為剛毅是此事的直接推動者。翁開缺後，雖自稱“人臣黜陟，皆屬天恩”[4]，內心卻別有考量，對構陷排擠他的幕後人物有所暗示。戊戌年五月十二日，也即翁即將離京的前一天晚上，孫家鼐（燮臣）、徐郙（頌閣）兩位老友前來話別，很晚才離去。孫、徐似乎向翁氏透露了什麽消息，使翁顯得感慨萬千。他在這天的日記中寫道：“晚燮臣、頌閣來話別，直至戌正二（刻）乃去，真深談矣。餘何人也，仿佛謝遷之去耶？為之一歎！”[5]這段話，暗藏著翁氏對自己被開缺原因的看法。20世紀70年代，台灣學者黃彰健先生最先對翁氏這段深含隱意的話進行了解讀：明朝嘉靖年間內閣輔臣楊一清曾用計策排擠走了比自己資曆深厚的謝遷。翁同龢顯然是用這個典故來暗示自己是遭到同人排擠才離職的。[6]這位同僚正是剛毅。翁離京後，其侄孫翰林院編修翁斌孫向葉昌熾透露，翁之開缺，“木訥令兄（指剛毅——引者注）有力焉”。[7]這說明翁同龢認定自己是遭剛毅排擠而罷官的。翁氏門人沈曾植《寄上虞山相國師》詩雲：“鬆高獨受寒風厄，鳳老甘為眾鳥侵。”又雲：“睚眥一夫成世變，是非千載在公心。”[8]所謂“睚眥一夫”亦指剛毅。唐文治也認為係剛毅從中作祟。[9]