魏允恭致汪康年等人的密劄以及《鄭孝胥日記》都是原始的第一手材料。這些新材料證實，慈禧是初八日清晨下令搜捕“軍機四卿”的，其中楊銳、劉光第、譚嗣同三人於當天被捕，林旭則是初九日拿獲的。
那麽，為什麽現存清宮檔案和官方文書中找不到魏允恭所言初八日捕拿“軍機四卿”的那道“密旨”，能看到的隻有初九日宣布對他們“革職”“審訊”的諭旨呢？為什麽以這道諭旨及其他相關檔案史料為依據的“初九日被捕說”與史實會有出入呢？這些問題隻有從慈禧在搜捕維新人士過程中玩弄的手段說起，才能找出答案來。
慈禧捕拿康有為、康廣仁與逮捕“軍機四卿”的行動雖前後相繼，但具體情況有所不同。八月初六日派人捉拿康氏兄弟是慈禧與奕劻、剛毅等後黨官僚經過密商後決定的，是與宣布訓政同時進行的。事先他們已給康有為擬定了“結黨營私，莠言亂政”的罪名。[9]因康有為已於初五日傍晚離開北京，結果步軍統領隻於初六日當天捕到了康廣仁。至於對“軍機四卿”等人的搜捕則是初八日清晨慈禧突然接到袁世凱告密的消息後才匆忙布置的，凡涉嫌“圍園”密謀或與康有為關係密切者均被列入了逮捕名單。鑒於康有為逃走一事的教訓，在這次搜捕中，為了避免打草驚蛇，沉著老練的慈禧采取了先封鎖消息秘密捕人，然後再追查內情的穩妥策略。現存清宮檔案和《清德宗實錄》、《光緒朝東華錄》中均未發現初八日這天有下令捕人的諭旨。顯然，這次秘密搜捕是奉了慈禧的口諭。[10]這樣雖有違常例，卻有利於封鎖消息。據魏允恭言當時“嚴拿各人，旨意甚密，竟有先拿一人，餘人均未知悉者”。整個搜捕行動布置得很周密，采取的辦法也很靈活（例如張蔭桓和林旭其實是被誘捕的），搜捕活動在秘密狀態下進行了一天多。正因為如此，除後黨核心人物和極少數像魏允恭這樣的目擊者外，局外人對初八日開始逮捕“軍機四卿”等人的活動毫無知曉。待到“要犯悉數拿獲”後，慈禧才於初九日發布上諭，正式對外公布消息。這是後黨搜捕“軍機四卿”等維新人士的真實過程。