魏氏密劄言初八日步軍統領衙門未能捕到林旭。對於林旭被捕的情況，《鄭孝胥日記》中則有較為翔實的記述。
鄭孝胥，字蘇戡，又字太夷，與林旭（字暾穀）同為福建閩縣人。鄭氏晚年雖然追隨清廢帝溥儀到東北建立偽滿洲國，淪為臭名昭著的漢奸，但在戊戌時期仍不失為一位思想開明的進步人士。政變發生前，鄭孝胥因湖廣總督張之洞保舉經濟特科而奉旨進京預備召見。他於七月初十日（8月26日）到達北京，寄寓福州會館。鄭氏抵京後，林旭頻頻造訪，特別是七月十九日（9月4日）林旭被任命為軍機章京後，曾向鄭孝胥吐露了許多政情內幕。從《鄭孝胥日記》中我們不僅可以了解林旭被捕前最後的活動痕跡，也可以看到一些涉及政變真相的珍貴史料，現將相關內容摘錄如下：
七月廿三日（9月8日）暾穀來，餘戒以慎口，勿泄樞廷事。
八月初五日（9月20日）返館，幼陵（嚴複）、暾穀皆來，暾穀言，上勢甚危，太後命新章京所簽諸件，自今日悉呈太後覽之。又言楊崇伊糾合數人請太後再訓政，且以“清君側”說合肥（指李鴻章），又以說榮祿。
八月初八日（9月23日）既寢，暾穀忽至，複起，談良久，自言不得以康黨相待。
八月初九日（9月23日）晨起作字。聞街市傳言，有緹騎逮七人，即四軍機章京，其三人未詳。……（林）怡書來，言有官員至其宅，言禮王（世鐸）傳林旭麵話，不及待車，步行而去。且雲，宮中終夜擾動，發三電促榮祿來京矣。[7]
據林旭對鄭孝胥言，八月初五日慈禧令將七月二十日以來“軍機四卿”簽擬諸件統統檢出，由她重新審閱。這說明，慈禧已不能容忍新政再繼續下去，並剝奪了光緒帝獨立處理政務的權力。由皇帝超擢重用的“軍機四卿”也開始受到冷遇。作為“圍園”密謀的知情者，林旭已有惶惶自危之感。初八日深夜他與鄭孝胥談話時“自言不得以康黨相待”，即是這種心情的流露。果然，初九日領班軍機大臣禮親王世鐸令人至林怡書宅，“傳林旭麵話”。林旭“不及待車，步行而去”。此去即落入魔掌。林怡書（又作貽書）即林開謩，福建長樂人，與鄭孝胥、林旭關係極密，時為翰林院編修。林旭被捕前一直“寄居開謩家”。[8]所以當他被帶走後，林開謩立即趕至鄭孝胥處通報消息。因此，“軍機四卿”中林旭確係初九日被捕。《康南海自編年譜》言“林旭入直就縛”或許即指此事。