政權更迭之際總是呈現出一片混亂的景象。身為秘書，許寶蘅記錄了許多中樞活動的內容。這些點滴的記載，將民國初建後大總統決策製度、文秘製度的建立情況，大致描繪出來。日記中寫道：
辛亥十二月廿九日（1912年2月16日） 早飯後到公署。璧臣（華世奎，字璧臣）告餘項城命廳員及各參議員皆移至外務部署內辦公，留餘在原處傳話接洽，大約須俟移動後再實行。昨日南京參議院有電來，昨日三鍾公舉項城為大總統，請其赴寧任事，項城複黎元洪電告以北方不能輕動。
壬子正月初三日（2月20日） 十一時到公署，知項城派餘為內政秘書，承宣廳同人移在南院辦事，公署將為總統私第。
正月初四日（2月21日） 七時起，到秘書室晤同人阮鬥瞻（忠樞）、金伯平（文山）、吳向之（廷燮）、閔保之（爾昌）、沈呂生（祖寬）、餘東屏（建侯）諸人，又晤臨時籌備處同人，籌備處設在外務部西側，內分法製、外交、內政、財政、軍事、邊事各股。項城囑餘與承宣廳諸人接洽辦事，四時先散。[22]
可見，在許寶蘅的協助下，新舊交替才得以完成，總統府的秘書班子才得以建立。許寶蘅還親自見證了正月十二日（2月29日）發生的軍隊嘩變事件：
七時起，早飯後到廳，到秘書室，午飯後到行，五時仍回秘書室。八時正晚飯，忽報齊化門外所駐第三鎮之九標炮輜各營兵變，攻入齊化門，因傳說將下剪發令，又因陸軍部將該營加餉扣減，遂爾嘩潰。正在查詢，即聞槍聲甚近，蓋府內尚駐有十標一營與變兵相應，遂與總統避入地穴內，一麵派人宣諭並無扣餉、剪發之事。又聞槍聲甚急，一麵派人分頭探察宣諭，勸令歸伍。旋報稱該兵隊有退向齊化門者，又有投西去者，又有投南去者，聲言決不傷及總統，蓋誌在搶掠也。槍聲稍遠，侍總統回至辦公室，知照各路偵探，旋見東安門一帶火起，燈市口一帶繼之，東北、東南兩麵相繼焚燒，探報變兵大肆搶掠；又報南京來使有洪軍保護無虞；又報第三鎮九標一營赴帥府園保護曹仲山統製。二、三兩營擬出營救火，請總統命令，餘謂黑夜之間未叛之兵，不宜輕出，遂止其出營。又報東四牌樓一帶無處不搶，又執法處報西城尚安靖，本府衛兵亦有離伍出搶者。至三時後，各處火勢漸衰。烏金吾報已調消防隊救火，槍聲漸少，至四時倦極，在椅上躺睡。此次變端，初無所聞，事起後無從彈壓，惟有靜以待旦。