光緒三十四年（1908年）十月，光緒帝和慈禧太後相繼去世。攝政王載灃在兩宮喪儀與宣統皇帝登基儀式結束後，於十一月廿六日（12月19日）對朝中重臣大加封賞，慶王奕劻以親王世襲，世續、鹿傳霖太子少保，張之洞、袁世凱加太子太保，以示優遇。但是，十多天後，剛剛得到封賞的軍機大臣袁世凱便被載灃罷黜。許寶蘅是當時的見證人。他在日記中對前後幾天的中樞活動有所記載：
十二月十一日（1909年1月2日） 入直。軍機見起後複召世、張二相入，發出藍諭三道：一、袁太保開缺回籍養屙；一、那相（那桐）入軍機；一、澍貝勒（載澍）在乾清門侍衛上行走。按，澍貝勒為孚郡王之嗣子，乙未、丙申間得罪革爵圈禁，庚子釋免者。十一時散歸。
十二日（1月3日） 入直，崧生侍郎署外務部尚書，那相到軍機處，慶邸仍未入直，十一時散歸。
十六日（1月7日） 入直，慶邸自初十請假，今日始入，十二時散。[11]
十二月十一日這天，載灃先是召見軍機大臣，然後又單獨召見世續、張之洞，討論的應該是處置袁世凱之事。[12]奕劻自十二月初十日開始請假，這天沒有入直。載灃等滿洲權貴猜忌袁世凱由來已久，選擇十一日奕劻請假這天做出決斷，可能是為了避免與奕劻發生爭執，也許奕劻得知消息，有意回避。直到十六日慶王才銷假入直，他對處置袁氏一事肯定不滿意。許寶蘅日記中對此事沒有任何評論，隻是準確記下了當時的情節，可與其他材料互證。
袁世凱離京後，許寶蘅也因丁繼母憂，讀禮家中。期間經過官製改革，軍機處改成內閣承宣廳，故宣統三年辛亥（1911年）六月許氏服滿後，乃改任承宣廳行走，其實仍是當年軍機章京的角色。是年六月廿五日（7月20日）許寶蘅再次入內當差時，感慨萬千。他在日記寫道：