1906年9月1日，清廷發布預備立憲上諭，宣稱從改革官製入手。次日，清廷便正式宣布進行官製改革，派載澤、世續、那桐、榮慶、載振、奎俊、鐵良、張百熙、戴鴻慈、葛寶華、徐世昌、陸潤庠、壽耆、袁世凱為編纂大臣，命端方、張之洞、升允、錫良、周馥、岑春煊選派司道大員進京隨同參議，並派慶親王奕劻、孫家鼐、瞿鴻禨為總司核定大臣。[2]6日，清廷設編製館於恭王府之朗潤園，以孫寶琦、楊士琦為提調，金邦平、張一麐、曹汝霖、汪榮寶為起草課委員，陸宗輿、鄧邦述、熙彥為評議課委員，吳廷燮、郭曾炘、黃瑞祖為考定課委員，周樹模、錢能訓為審定課委員，另有中央各部、處和上述指定總督所派屬員參議。[3]官製改革名義上是由奕劻、載澤等人負責，但其具體辦事機構官製編製館實際上是由袁世凱所控製，館中辦事人員多為袁氏親信。因此，袁世凱可以通過該館提出自己的官製改革方案，其中最為引人注目之處，就是責任內閣製。
早在出洋考察政治的五大臣回國之初，國內關於立憲的輿論即迅速高漲。著名立憲派首領張謇曾致書袁世凱，“以大久保相期，而自居小室信夫”，袁世凱頗為得意。當端方親到天津北洋大臣公署，與其商議憲政改革問題時，袁世凱提出了“先組責任內閣，俟政權統歸內閣，再酌量開國會”的主張，並指示幕僚張一麐、金邦平起草疏稿，由端方回京上奏。[4]端方等人在奏請清廷實行預備立憲的奏折中，正式提出了責任內閣製。他們認為，實行君主立憲政體，便可以在憲法中明確規定君主不負責任，而由大臣代負其責，以保證君位常安而不危、神聖不可侵犯，此即責任內閣製的神奇功效。“君主立憲國之政府，必有責任內閣之設。所謂責任內閣者，乃於內閣中設總理大臣一人及國務大臣數人，國務大臣以各部之行政長官充之，是之謂閣臣，凡此閣臣，皆代君主而對於人民負其責任者也。使其行政而善乎，則閣臣之位得安；使其行政而不善，為人民所怨，則是閣臣之責任，而非君主之責任，其怨毒之極，亦不過變易閣臣而已，無絲毫之責任可以及於君主之身。故君主不僅常安而不危，且神聖不可侵犯之權亦載入於憲法之中。此無他，既無責任，則自不至有侵犯，此二者相因而並至者也。此所謂立憲則君主安者是也。”[5]隨後，端方與戴鴻慈又提出了一個全國官製改革的方案，其中關於中央官製改革的部分便以責任內閣製為中心，極力主張仿行責任內閣製。他們認為：“責任內閣者，合首相及各部之國務大臣組織一合議製之政府，代君主而負責任者也。……所以必以閣臣負其責者，一則使之忠於職任，無敢諉卸以誤國，一則雖有缺失，有閣臣任之，則天下不敢致怨於君主，所謂神聖不敢幹犯者此也。”就此而言，中國舊有的軍機處和內閣都無法與責任內閣相比。改革之初，可以保留原來內閣的形式，以軍機處歸並其中，設總理大臣一人兼充大學士，為首長，設左右副大臣各一人兼充協辦大學士，為輔佐，而以各部尚書皆列於閣臣。“此三大臣者，常與各部尚書入閣會議，以圖政事之統一，會議既決，奏請聖裁。及其施行，仍由總理大臣、左右大臣及該部尚書副署，使職權既專而無所掣肘，責任複重而無所諉卸，如此則行政之大本立矣。”[6]官製編製館設立之後，即開始起草中央官製改革草案，“大抵依據端製軍等原奏，斟酌而成”。具體辦法是：以內閣為首，設總理大臣一人，左右副大臣兩人，各部尚書均為內閣政務大臣，參知政事；設十一部七院一府——外務部、民政部、財政部、陸軍部、海軍部、法部、學部、農工商部、交通部、理藩部、吏部，資政院、典禮院、大理院、都察院、集賢院、審計院、行政裁判院，軍諮府。[7]這個草案基本上仿照上述端方、戴鴻慈奏折所擬的方案，其核心內容是責任內閣製。