隨著分治方案立法工作的推進和完成，英印政府緊鑼密鼓地落實分治方案的實施工作。重建過渡政府，設立分治委員會和邊界委員會等分治機構，劃定旁遮普、孟加拉和阿薩姆相關地區邊界，在西北邊境省、信德和俾路支斯坦舉行立法會議和公民投票，進行軍隊、資產和債務等分割。隨之，巴基斯坦和印度分別於1947年8月14日和15日（即14日子夜）宣布獨立。
一、英國向印度移交政權
在移交政權方案得到國大黨、穆斯林聯盟和錫克教派同意後，各有關省份隨即根據方案規定的方式和程序陸續舉行投票，決定最終歸屬。
1947年6月20日，孟加拉省立法會議投票結果決定該省一分為二，穆斯林占人口多數的東孟加拉加入巴基斯坦，印度教徒占人口多數的西孟加拉留在印度。6月23日，旁遮普省立法會議投票結果也決定一分為二，穆斯林占人口多數的西旁遮普加入巴基斯坦，東旁遮普留在印度。6月26日，信德省立法會議決定加入巴基斯坦。6月30日，英屬俾路支斯坦決定加入巴基斯坦。7月7日，阿薩姆省錫爾赫特縣舉行全民公決，多數人讚成並入東孟加拉，加入巴基斯坦。7月17日，西北邊境省全民公決，多數人讚成加入巴基斯坦。這樣，巴基斯坦就包括東孟加拉、西旁遮普、西北邊境省、信德、俾路支斯坦和錫爾赫特縣。
6月5日，總督建議設立分治委員會，負責協調各專家委員會和各分會工作，處理武裝部隊、檔案、人員、資產、債務等各方麵的分割。27日，由國大黨和穆斯林聯盟成員組成的分治委員會正式成立。6月30日，成立邊界委員會。7月5日，組建仲裁法庭。7月19日，重組印度和巴基斯坦臨時政府。7月底，成立臨時聯合防衛委員會。經過分治委員會等分治機構的艱苦努力，最終確立了邊界、軍隊、文員、資產、債務等的分割和重組。