采用催眠術治療疾病通常要遵循以下程序。
（一）臨床測查
通過詢問或其他診斷技術（化驗或儀器檢查、量表測試等）了解患病原因、主要症狀以及性格、氣質等個性特點和催眠動機，判斷患者是否適合催眠治療。
（二）製訂方案
確立治療方案，包括催眠方法和程序、時間和次數等。還要擬定暗示語句，特別是能達到治療目標的主題暗示語，一定要準確、簡練、淺顯，便於患者感應。
（三）術前談話
對患者及其親人講解催眠術的原理及功能，消除患者對催眠的恐懼和疑慮，取得患者的信任，增強其治愈的信心，使其積極配合治療並產生有效的預期作用。
讓患者自己訂立一個欲達到的目標，用一句話概括出來並連續說三次，使其潛意識充分接受這個目標。
（四）誘導入眠
根據患者年齡、性別、職業等特點，采用不同誘導方法，使其進入適合治療的催眠狀態，其深度因疾病而異。一般說來，對於幼兒采用水晶催眠球和下撫法比語言誘導效果更好。
（五）給予暗示
在催眠治療階段通常應給予患者以下幾種暗示：①消除病因的暗示；②除卻症狀的暗示；③疾病根治的暗示；④身心愉悅的暗示；⑤鞏固效果的暗示。
（六）喚醒複原
通過喚醒指令使患者恢複到催眠前的清醒狀態。
催眠治療很少立竿見影、一次成功，通常需要反複多次方能見到效果。