按其本義，經學首先代表了一種正統的意識形態，作為意識形態，它主要體現了一定時期人們的願望、理想、評價準則、文化模式、行為目標等，而後者無疑屬於廣義的價值理性。相對於經學的意識形態內容，音韻、訓詁、校勘、天文、曆算等具體科學，以及博考精思、嚴於求是的方法論思想，則更多地體現了理性的工具功能。清代學者將具體科學及實證方法引入經學，以此作為治經的手段與工具，似乎表現出融合二者的趨向。事實上，在經學實證化之後，我們看到的正是工具理性向價值理性的滲入，而這種滲入本身又蘊含著多重意義。
一般而論，實證的走向總是與形而上的超越之維相對。肯定實證研究的價值，往往邏輯地導向否定形而上學。與宋明理學家時時流露出濃厚的形而上學興趣不同，清代學者更傾向於從事拆解形而上學的工作。戴震對宋儒將天理形而上學化提出了批評：“宋儒合仁、義、禮而統謂之理，視之‘如有物焉，得於天而具於心’，因以此為‘形而上’，為‘衝漠無朕’；以人倫日用為‘形而下’，為‘萬象紛羅’。蓋由老、莊、釋氏之舍人倫日用而別有所貴，道遂轉之以言夫理。……六經、孔、孟之言，無與之合者也。”[44]理學家將仁義等當然之則加以超驗化，使之成為至上的天理，這既是對價值理性的強化，又表現出崇尚形而上本體的取向。在戴震看來，這種形而上的本體不外是思辨的虛構。他對形而上與形而下作了如下解說：
形謂已成形質，形而上猶曰形以前，形而下猶曰形以後。陰陽之未成形質，是謂形而上者也，非形而下明矣。[45]
這裏體現的，是一種拒斥形而上學的立場，它不僅展示了一種本體論的觀點，而且具有某種價值觀的意義。就後者而言，對形而上學的排拒，即意味著將注重之點由超驗的領域轉向具體的對象，這種思路與近代具有科學主義傾向的實證論頗有相通之處。