作為經學演化的一種形態，與理學形而上學相對的經學實證化趨向更內在地體現於治經方法；事實上，從理學到經學的變更，具體便是通過治經方法的轉換而實現的。盡管清代考據學的研究對象沒有離開傳統的經典，但在研究方法上，又確乎與近代實證科學的方法呈現相近的走向。概括起來，清代考據學的治經方法包括以下幾個方麵。
麵向本文與遍搜博討 理學好談性理而輕視名物訓詁，為了論證一己之見，他們往往不惜曲解乃至擅改古代文獻。對這種崇尚虛論的學風，清代學者深為不滿。江聲指出：“蓋性理之學，純是蹈空，無從捉摸。弟所厭聞也。”[20]這實際上代表了清代乾嘉學派的普遍看法。與蹈空的宋學相對，清儒以“通經博物”相尚，強調無證不信，論必有據。在經學考據中，所謂證和據，主要便與古代文獻相聯係。從字、詞等考釋的角度看，作為古字古詞載體的古代文獻屬於具體的事實材料，以群經古本為研究的起點，也就是從經驗領域的對象出發。
由注重文獻材料，清代學者又進而反對以孤證立論。在清代學者看來，片麵地執著某一方麵的例證，必然會導致迷誤：“偏舉一隅，惑茲生焉。”[21]在訓詁上，清儒每釋一字，往往廣搜群籍，博考百家。如王引之對虛詞的詮詁，即以遍為搜討為基礎：“自九經三傳及周秦西漢之書，凡助語之文，遍為搜討。”[22]這裏所說的遍為搜討，即對所研究領域的相關對象逐一加以考察，不放過任何可能的反例。由此形成較為係統的、能反映事物全貌的材料，然後將這些材料綜合起來加以參伍比較，得出結論。這種治學原則與任意挑選孤證的主觀方法相對，體現了觀察的全麵性等要求。
與注重遍為搜討相聯係，清代學者注重考察的客觀性。戴震指出：“凡學未至貫本末、徹精粗，徒以意衡量，就令載籍極博，猶所謂‘思而不學則殆’也。”[23]“貫本末、徹精粗”即全麵的考察，“以意衡量”則是主觀的臆測；清代學者肯定前者而拒斥後者，這就使遍為搜討同時成為客觀性的原則。從方法論上看，全麵性原則與客觀性原則具有內在的相通性：離開了對事物各個方麵的係統研究，便很難提供一幅有關事物全貌的客觀圖景；全麵考察所獲得的材料如不能真實地反映對象的本來麵目，則同樣無法為把握事物提供可靠的基礎。對經驗事實的真實性、可靠性的如上注重，確實不同於性理之學的思辨趨向。