濫觴於明中葉的儒學流變，首先當然是相對於理學而言。作為儒學的一種形態，理學注重心性的辨析和義理的探求，但其末流往往導向了空疏玄虛。有鑒於此，明中葉至晚明的一些思想家已開始由形而上的義理之學，轉向形而下的考據之學。這裏首先值得一提的是楊慎（1488—1559）。楊慎對理學追求所謂“高遠”的思辨路向甚為不滿，並曾作了如下批評：“故高遠之蔽，其究也，以六經為注腳，以空索為一貫，謂形器法度皆芻狗之餘，視聽言動非性命之理，所謂其高過於大，學而無實。”[1]理學以高遠為進路，以性命之理為追求的對象，其結果則往往流而為空索無實。與理學相對，楊慎要求從訓詁入手，以把握經義，而訓詁又必須知古人之法：“予謂解聖賢之經，當先知古人文法。”[2]這裏已表現出以實證的研究拒斥理學思辨的趨向，事實上，楊慎也確實一再要求研究朱熹以前的經學，所謂“必求朱子以前之六經”[3]便表明了這一點。
楊慎之後，陳第（1541—1617）進一步提出了“讀經不讀傳注”[4]的主張。不讀傳注，意味著超越對經典的隨意詮釋，回到原始的經典本身。而在經典的研究方麵，陳第首先將具體的音韻考證提到了重要的地位，要求通過了解文字的古音，以把握其古義。就研究方法而言，陳第已總結出“本證”與“旁證”相結合的原則。本證，即以本書同類之韻為證，如以詩之韻證詩經之音義；旁證，即以其他文獻來印證。陳第運用本證、旁證以考證古音，並由此揭示經典中字、義的原始含義，這種方法，後來被廣泛地運用於考證之中。
與陳第幾乎同時，焦竑（1540—1620）也將注重之點轉向了實證性的研究方式。焦竑對小學尤為重視，認為聖學應當以小學工夫為根基。焦竑關於小學的界說，不同於宋儒。宋儒雖亦注意到小學與文字訓詁的聯係，但往往較多地將其理解為“灑掃、應對、進退之節，禮樂、射禦、書數之文”[5]，後一意義上的小學，常常與倫理行為、道德實踐交錯在一起。與之相對，焦竑更多地側重於小學層麵的文字之學義：“小學，謂文字之學也。”[6]這一意義上的小學，其具體內容主要包括訓詁、音韻、文字，它在相當意義上已屬於具體科學（語言學）的範疇。焦竑主張以小學為把握經典的根基，已開始把經學研究與具體科學的研究聯係起來。