在推重西方科學的邏輯方法、實證原則的同時，明清之際的思想家對西方科學往往也有所批評。王錫闡在比較中西曆法時，曾指出：“夫曆理一也，而曆數則有中與西之異。西人能言數中之理，不能言理之所以同。”[26]這裏，值得注意的並不是明清之際學人對西方曆法的具體評價，而是其中所流露的對“同”的關注。“同”所表征的，主要是普遍性的品格，理之所以同，似乎已超越了具體的經驗之域。不難看出，相對於科學對特殊對象的把握，對理之所以同的追問，多少蘊含著一種形而上的指向。
對“理之所以同”的關注，當然並不限於個別思想家。與王錫闡相近，方以智在肯定西方的質測之學的同時，也曾對西學提出責難：“彼詳於質測，而不善言通幾，往往意以語閡。”[27]通幾所涉及的，就是最普遍層麵的理之同，亦即形而上之域。在方以智看來，西學固然長於具體經驗領域的研究，但對形而上問題的探討（通幾）並不足道，而這種以普遍之理為對象的通幾之學對方以智來說又是極為重要的方麵。事實上，在方以智那裏，通幾誠然不能脫離質測，但它本身往往有時而滲入質測之中。以聲、光等自然現象的研究而言，方以智雖然讀過介紹西方光學的《遠鏡說》，但在具體解釋時，卻訴諸“氣”這一傳統哲學的範疇：“氣凝為形，蘊發為光，竅激為聲，皆氣也。”[28]聲、光本屬具體經驗領域的物理現象，氣作為本體論或宇宙論的範疇，具有某種形而上的性質：它無所不在而又構成了萬物的本源；以氣解釋光與其說是一種質測（科學）層麵的規定，不如說是通幾（哲學）的界說，這裏似乎多少可以看到質測之學形而上化的趨向。
就更廣的視域而言，在西學東漸之初，東西學人便開始從不同角度對中國傳統的形上學與西學作種種的溝通。徐光啟在介紹利瑪竇所傳入的西學時，曾指出：