西學在明清之際得到認同，固然首先在於它在“技”這一層麵展示了其實用的價值，從而適應了當時的曆史需要，但“技”本身的意義並不僅僅限於外在的“用”。當徐光啟等思想家由西學之“用”進而反思其更內在的規定時，他們的目光便開始從具體的科學知識轉向獲得和達到這些知識的方法。
徐光啟在主持修曆的過程中，對“義理”與“法數”作了區分：
理不明不能立法，義不辨不能著數。明理辨義，推究頗難；法立數著，遵循甚易。即所為明理辨義者，在今日則能者從之，在他日則傳之其人。[7]
這裏所謂義和理，既是指天文、數學等知識領域的原理，又涉及一般的方法論原則；與之相對的法與數，則主要和具體的推算程序、範式等相聯係。前者（思維方法意義上的義理）常常被比作金針，在徐光啟看來，重要的便是使人從思維方法的層麵把握西學的內核：“昔人雲：‘鴛鴦繡出從君看，不把金針度與人’，吾輩言幾何之學，政與此異。因反其語曰：‘金針度去從君用，未把鴛鴦繡於人’。”[8]在這裏，思維方法已被視為西學之中更為根本的方麵。
從思維方法切入西學，首先表現為對數學的注重。明清之際的學者從不同的側麵考察了數學的作用，其中，徐光啟在《刻同文算指序》中的論述頗具代表性：“算術者，工人之斧斤尋尺，曆律兩家、旁及萬事者，其所造宮室器用也，此事不能了徹，諸事未可易論。”[9]在此，數學已被視為一切製作的基礎。要求從數量關係上規定事物，並以此入手變革對象，無疑表現了某種科學的自覺。
以數製器，涉及的還是數學的外在規範功能。就方法論而言，數學的作用更內在地體現於明理過程。李之藻指出：
數於藝猶土於五行，無處不寓。耳目所接，已然之跡，非數莫紀；聞見所不及，六合而外，千萬世而前而後，必然之驗，非數莫推。[10]