宗教與科學“不是冤家不聚頭”，最初的科學與巫術有很大關係，在原始宗教中二者經常是混雜在一起。中國道家的煉丹術、養生術是一個例證，古希臘的酒神和日神也與自然取向有關。西方自然科學從宗教神學中明確分離出來的標誌性事件，大抵以哥白尼的日心說為標誌。“它是唯一得到科學的、係統的、全麵的發展的自然研究——現代的自然研究同整個近代史一樣，發端於這樣一個偉大的時代，這個時代，我們德國人根據我們當時所遭遇的民族不幸稱之為宗教改革，法國人稱之為文藝複興，而意大利人則稱之為16世紀，但這些名稱沒有一個能把這個時代充分地表達出來。”[42]神學對自然科學的禁錮和壓抑沒有能夠阻擋科技潮流，“科學的發展從此便大踏步地前進，而且很有力量，可以說同從其出發點起的（時間）距離的平方成正比。這種發展仿佛要向世界證明：從此以後，對有機物的最高產物即人的精神起作用的，是一種和無機物的運動規律正好相反的運動規律”[43]。科學希望更辯證地說明問題，減少盲從和迷信，宗教希望更多地吸引教眾，用自己的思想詮釋一切。在人們還沒有獲得充分理解的情況下，催眠術、進化論、天演論等既是科學的產物，又在一些場合成為神學和騙術的幫手。一些關注自然現象的人，一隻腳踏進了科學殿堂，一隻腳留在神學空間，甚至提出力學定律和萬有引力定律的牛頓先生，由於無法解釋引力的起源，也用上帝的“第一推動力”來做終極解答。在宗教與哲學、自然科學之間，有許多待解的問題，總體上看，科學問題和宗教問題都有哲學基礎。社會發展中，宗教不能回避科學，它必須經常在新科技成果出現時反思自己；信仰宗教也不會在本質上影響科學研究，無神論者和有神論者之中都曾有很多具有卓越成就的科學家和理論家，從宗教立場來懷疑一個人的研究能力或研究成果是沒有科學道理的。數學家萊布尼茲曾被不倫瑞克的農民指責為沒有信仰的人，被克拉克和牛頓指責為無神論者，這並不影響他在數學領域的研究和貢獻。對宗教與科學的認識不能走極端，“把整個自然科學中的唯物主義看作‘形而上學’，把通向宗教的階梯稱為‘經驗主義’。排除科學中的規律，事實上隻能是偷運宗教的規律”。科學技術已經滲入社會的各個方麵，那些像魔術一樣被“魔法師”呼喚出來的技術，對生產和生活的影響達到了前所未有的程度，它也會反過來影響宗教的內容和形式。