“精神胚胎學”和科學“平行論”及其類比方法的作用範圍，都有其本體論的基礎。這個“本體”就是整個自然界各種事物之間的關聯性、統一性和相似性。除了平行論強調的跨層次對象之間在時間（序列）上的相似性和同構性外，還有空間（形態）上的相似性和同構性。有關這方麵的認識和理解，我們可以分為以下步驟進行。
一、世界係統的相似（同構）
在我們周圍的世界裏，存在著許許多多相似的事物和現象。從微觀粒子到宏觀天體、從無機物到有機物、從生物器官到地球生物圈等，都存在這樣或那樣的相似性。不僅相鄰的、同類的事物相似，而且不相鄰、不同類的事物也可以相似。可以說，由於事物之間存在的普遍聯係，相似性也就成為一種普遍現象。隻是，相似不等於相同。相似本身就包含著相異，人們在認識事物的相似的同時，也就在認識事物的相異。而且，即使是相似的事物，它們之間也有一個程度上的差異：有的是基於事物組成部分間的相似，有的是基於事物的固有屬性間的相似。現在我們已經知道，“相似性實質上是係統間特性相似”[32]。各種相似現象不過是係統相似特性的外部表現。
從係統科學的角度來看，一個係統之所以構成一個係統，是因為它是由性質和功能相近（或互補）的要素組成的。即係統特性與要素的特性有相關性。這種相關性不僅表現在要素間可能存在著的相似性，而且表現在要素與係統之間在拋開“突現”性質後依然存在著的相似性。這裏，我們可以用一組聯立微分方程來描述“係統”的同一或相似性質：[33]
其中，Qi（i=1，2，…，n）表示要素的某個量。對於上述有限數量來說，任何一個量Qi的變化，形成Q所有（從Q1到Qn）的函數；反之，任一Qi的變化，承擔著所有其他量以及整個方程組的變化。