現代性思想既與現代科學密不可分，也與現代哲學密不可分。其根本錯誤就是：（1）物理主義自然觀；（2）獨斷理性主義知識論；（3）物質主義價值觀；（4）經濟主義發展觀。以下分別批駁之。
（一）駁物理主義自然觀
物理主義宣稱，萬物皆是物理的。所謂物理的事物就是可由現代物理學加以說明的事物。物理學宣稱，萬物之間的相互作用無外乎四種：引力相互作用、電磁相互作用、強相互作用和弱相互作用。人腦或許是最奇妙的事物，但人腦歸根結底是由DNA構成的，而人腦的功能歸根結底是由構成人腦的物理實體（entity）決定的。物理主義堅持還原論（或簡化論）立場，即認為隻有物理學所描述的四種相互作用才是真實的，一切現象皆可歸結為這四種相互作用。物理主義者對世界的豐富性、複雜性、多樣性視而不見，極端的物理主義者甚至傾向於把人類創造的文化也歸結為物理實在，或歸結為四種相互作用。20世紀70年代興起的複雜性科學已構成對物理主義的反駁：萬物皆以係統的方式存在或相互作用；不同事物構成的係統的功能或屬性多於各事物功能或屬性的總和，即在係統生成的過程中會湧現無法歸結為係統之各部分的功能和屬性；大自然是具有創造性的，大自然中的可能性比現實性更加豐富（普利高津語），即萬物皆處於永無休止的生生滅滅的過程中，特定事物的生成就是由多種可能性轉變為特定一種現實性的過程，例如，一粒種子落在土壤裏，它就有多種可能性，可能被一隻烏鴉吃了，可能被人或野獸踩壞了，也可能獲得適宜的溫度、濕度和營養而發芽，進而長成植株；動物或人的一生更是不斷由各種可能性轉變為現實性的過程。物理學所概括的四種相互作用隻是自然（或世界）的特定麵向、維度，它不可能是自然奧秘的全部。人類智能不僅與大腦之生理發育有關，與文化也密不可分，而複雜的人類文化絕不可能被歸結為物理學所說的四種相互作用。