內在關係哲學最早可以追溯到早期古希臘哲學家巴門尼德，並於近代在斯賓諾莎的著作中首次獲得了顯著地位。斯賓諾莎本人對這種哲學的看法是在亞裏士多德關於能夠獨立存在的“實體”的定義的基礎上構建起來的。既然隻有被認為是整體的自然能夠獨立存在，那麽，根據這種觀點，它就是唯一的實體。斯賓諾莎稱為“神”的正是這個不可分割的自然。這個唯一實體的所有元件，無論是物質還是精神，都被看成是它的暫時性的形式，看成是它的存在“樣式”，從而被看成是決定著它們個體性質的相互關係的總和的體現。對於強調總體的斯賓諾莎來說，部分嚴格來講是從屬性的。[19]
另外，萊布尼茨關注的重點是部分，而且幾乎沒有注意到他認為在每個部分中都得到了充分反映的整體。在他看來，存在著的不是一個而是無數個實體。通過斷言他稱為“單子”的這些實體隻有個體屬性而沒有廣延性，萊布尼茨反對把我們通常所認識到的物當作實體的基本要素。不管我們對萊布尼茨關於單子的奇異思想建構有著怎樣的理解，在他的論述中，清楚地凸顯出來的是存在於每一個單子和宇宙之間的聯係。因此，他可以聲稱，“不存在如此完全或如此獨立的術語以至於它不包括關係並且對它的完美分析不會導致其他事物甚至其他一切事物，所以，人們可以說相關的術語清楚地顯示了它們所包含的結構”[20]。
一個世紀以後，黑格爾大概是最早闡明內在關係哲學的主要含義並詳細構建它所包含的整個體係的人。在這方麵，直接前輩康德留給了黑格爾一個哲學難題，這個難題本身的性質對他有所助益——這與哲學領域常常發生的情況一樣。康德已經有力地論證了事物不過是我們在認識它時所看到的那些屬性，但又發現這個結論是不能被接受的。在確信事物所體現出來的性質要多於真正刺激我們的感官所形成的認識（對他來說，實際上認識的背後還有存在物）之後，康德發明了不能被認識的“物自體”，即實體在發生了諸多變化之後仍保持不變的東西。