由以上分析可知，焦循“性靈”經學的理論主張與其“人文實證主義”方法所表現出的曆史還原主義的思想傾向，這二者之間其實存在著一種內在的張力。一方麵，“性靈”經學要求研究者在經學研究過程中表達出尊重研究者個體主體性的思想傾向，另一方麵，在乾嘉時期普遍重視學術研究客觀性的曆史潮流下，焦循又不能不受這個時代潮流的影響。他還不敢，也不可能將研究者的個體主體性強調到後來龔自珍“唯我論”所強調的那樣高度。而最為集中而又鮮明地體現焦循思想體係中重視經學研究者主體的個性與尊重經典的客觀原義這二者之間的內在張力，在於他的學術分類與文章分類的廣義知識分類學的思想之中。
（一）學術分類與傳統經學研究中的學問分類雛形
就學術分類問題而言，乾嘉學者多持三分法，如戴震分為辭章、義理、考據。焦循則將學術分成五種類型，並進一步認定，這五種學問當以人的性情特質來加以選擇，以發揮研究者的長處，而且，他還告誡學者們要清醒地認識到各自學問之所長與所短。他說：
今學經者眾矣，而著書之派有五：一曰通核，二曰據守，三曰校讎，四曰摭拾，五曰叢綴。此五者，各以其所近而為之。通核者，主以全經，貫以百氏，協其文辭，揆以道理，人之所蔽，獨得其間。可以別是非，化拘滯，相授以意，各慊其衷。其弊也，自師成見，亡其所宗，故遲鈍苦其不及，高明苦其太過焉。據守者，信古最深，謂傳注之言堅確不易，不求於心，固守其說，一字句不敢議，絕浮遊之空論，衛古學之遺傳。其弊也，跼蹐狹隘，曲為之原，守古人之言而失古人之心。……叢綴者，博覽廣稽，隨有心獲，或考訂一字，或辨證一言，略所共知，得未曾有溥博淵深，不名一物。其弊也，不顧全文，信此屈彼，故集義所生，非由義襲，道聽塗說，所宜戒也。五者兼之則相濟，學者或具其一而外其餘，餘患其見之不廣也，於是乎辨。[60]