日本人口的淵源尚有爭議。我們不知道最早的居民什麽時候來到日本列島。盡管在更新世時代日本與亞洲大陸是斷斷續續地連在一起的，但這裏沒有發現任何前人類（prehuman）靈長目的遺存，連最早的人類化石也沒有發現。已經發現了印度象和其他熱帶動物的遺存。倘若這些動物能跨進日本，人也應該能進入日本，這一點是確定無疑的。
考古的帷幕直到新石器時代才揭開。約在公元前1000年，日本三分之二的北半部為一個奇特的蝦夷族人所占據。有很長一段時間，他們被認為是高加索人種的邊緣遺存。然而，晚近的研究把他們和澳大利亞土著聯係在一起。也許他們是與東南亞人體類型一致的古老民族，由於生活在雲遮霧障的北方環境中，他們的膚色比其南方的祖先失去了更多的色素。他們的膚色淺，頭形長、麵部寬、鼻子短。他們的眼睛呈圓形，而不是呈杏仁形。他們的絡腮胡子濃密，體毛眾多。稍後出現的日本人體毛較少，絡腮胡子亦少，他們始終稱蝦夷人為毛人。最早的蝦夷人文化可以部分地依靠考古發現來構擬，亦可以靠迄今尚存於日本北部的蝦夷人的生活來構擬。
蝦夷文化是北極圈共生傳統的一部分。他們以捕魚和采集為生，住的是地穴，用的是新石器：磨製的石鑿、磨製的彈射骨矛等。他們用粗沙燒製有繩紋的陶器，這種陶器與北美東部林區的印第安人燒製的陶器難以區別，換言之，他們的陶器是典型的早期燒煮器的北極區模式。
蝦夷人的社會組織取小型村落的形式，每村住一個奉行圖騰崇拜的族外婚氏族。換言之，每一個氏族以一種神聖的動物命名，對這種神聖的動物抱特別崇敬的態度。他們的宗教是自然神崇拜，不僅崇拜太陽和雨水之類的自然力，還崇拜瀑布、岩石、樹木和其他的自然力。他們最重要的崇拜以對神的崇拜為中心。熊是他們這個生存環境中最危險的動物，也是最大的供人獵食的動物。熊被視為另一個部落的人；沒有外人在場時，它們就脫下皮大衣，與別的人行為無異。每當獵殺一頭熊，蝦夷人都要舉行特別的儀式以安撫其靈魂，讓這頭熊的靈魂給其他熊傳遞信息：如果它們讓蝦夷人捕殺，它們就會受到良好的待遇。事實上，時至今日，蝦夷人仍然因襲這樣的習俗：捕熊仔喂養，把它作為村裏人的寵畜，對之抱以敬畏的態度，直至它被用作祭祀中的犧牲為止。