關於蔡元培在五四新文化運動中的政治立場，學術界一般都將他看作一位民主革命家，或進而將他看成是南方國民黨人的代表，其理由是，蔡元培是老同盟會會員，他出任北大校長係孫中山授意。②然而，筆者以為，將五四新文化運動時期的蔡元培看作民主革命家，固無大錯，但不準確，不足以揭示蔡元培與其他民主革命家之間的區別；而將蔡元培看成是南方國民黨人的代表，並以此來肯定以孫中山為首的民主革命派在新文化運動中所起的積極作用，則與蔡元培當時的政治立場不相符合。事實上，蔡元培在五四新文化運動時期的言行純然是從一位超黨派的自由主義知識分子的立場出發的，其立場在政治上與南方的國民黨保持很大的距離。
首先，蔡元培出任北大校長並非人們所說，係孫中山授意，而是蔡元培本人的夙願。固然，蔡元培是一位老同盟會會員，但同時必須指出的是，與孫中山、黃興等人不同，蔡元培並不是一個職業革命家和職業政治家，在他身上，學者的氣質遠勝於革命家和政治家的氣質，在實現國家由傳統向現代的轉變過程中，他大多數時候更傾向於以思想文化的革命來推動中國社會的變革，尤其是通過教育來實現他的救國目標。因此，盡管他在1905年就加入了同盟會，但他的活動主要還是限於教育界和文化界。從教育救國的思想出發，蔡元培早在1913年“二次革命”期間即有意出任北大校長，隻是由於袁世凱的反對，未能如願①,於是他便前往法國推動國內的留法教育，在海外從事新文化運動，堅信“國事決非青年手足之力所能助，正不若力學之足以轉移風氣也。……唯一之救國方法，隻當致意青年有誌力者，從事於最高深之學問，曆二、三十年，沈〔沉〕浸於一學專門名家之學者，出其一言一動，皆足以起社會之尊信，而後學風始以丕變。即使不幸而國家遭瓜分之禍，苟此一種族，尚有學界之聞人，異族虐待之條件，必因有執持公理之名人為之刪減”①。1916年袁世凱暴斃後，蔡元培堅持認為，振興中國的根本出路在於“由日新又新之思想，普及於人，而非恃一手一足之烈”②。因此，在接到邀請他出任北大校長的電報後，蔡元培便毅然決然地接受邀請，於10月2日離法回國，明確表示之所以要回國任北大校長，這是因為在國外經營教育“不及在國內之切實”③。回到國內後，蔡元培出任北大校長的決定雖然獲得了孫中山的支持，但這一決定並非出於孫中山的授意，而主要是由蔡元培本人做出的。