1917—1923年蔡元培主持北京大學期間，正是新文化運動狂飆突起的時候。在這場波瀾壯闊的思想解放運動中，蔡元培作為這場運動的倡導人之一，他固然與新文化運動的主導人陳獨秀、胡適等有著共同或相近的思想理念，但同時又有著與陳獨秀、胡適等新文化人士不同的思想特色，這也是我們在考察蔡元培與新文化運動關係中不能不加以注意的方麵。
蔡元培與陳獨秀、胡適等“五四”同人的最大區別是，他在文化問題上有著強烈的人文主義傾向和以此為基礎的道德關懷。對陳獨秀、胡適等大多數新文化運動人士來說，他們宣傳思想革命，提倡新文化、新道德，更多的是出於政治的動機，將文化和思想工作看作是實現民主共和政治的手段。他們認為，辛亥革命失敗的根源在於國民頭腦中缺乏民主共和意識，“中國革命是以種族思想爭來的，不是以共和思想爭來的；所以皇帝雖退位，而人人腦中的皇帝尚未退位”①。因此，“要鞏固共和，非先將國民腦子裏所有反對共和的舊思想，一一洗刷幹淨不可”②。而對蔡元培來說，他從事文化和思想工作，固然也有政治的動機，實現“救國”目標，但他更傾向於將文化和道德革新看作是人的內在要求，是人格完善和人性升華的途徑和標誌。在《教育之對待的發展》一文中，蔡元培明確表示，新教育除注意群性的發展，即為“民權”的教育之外，尤應注意個性的發展，進行人格的教育，指出：“自人類智德進步，其群性漸溢乎國家以外，則有所謂人權若人格。”③強**育的目的是培養人的人格，是“幫助被教育的人，給他能發展自己的能力，完成他的人格，於人類文化上能盡一分子的責任”④。對於蔡元培在新文化運動中所表現出來的這一與人不同的思想傾向，梁漱溟講過一段十分中肯的話，他說：“從世界大交通東西密接以來，國人注意西洋文化多在有形的實用的一麵，而忽於其無形的超實用的地方。雖然關涉政治製度、社會體俗的像是‘自由’、‘平等’、‘民主’一類觀念，後來亦經輸入仍不夠深刻，仍沒有探到文化的根本處。唯獨蔡先生富於哲學興趣，恰是遊心乎無形的超實用的所在。”①